计算化学公社

标题: J_from_g03 windows版本 [打印本页]

作者
Author: Puying 时间: 2018-5-2 19:29
标题: J_from_g03 windows版本
本帖最后由 Puying 于 2018-5-2 19:39 编辑

编译了一份J_from_g03的windows版本，经测试可运行gaussian09产生的文件，在我电脑以及两个同学的电脑上都是成功的，大家试一下看看有没有问题。在源代码压缩包（http://bbs.keinsci.com/thread-1142-1-1.html）那里有一些计算算例，大家也可以试一下。在linux系统上捣鼓了几下，差不多会用以后，人生第一次在windows下编译，源代码我也看不懂，实现的功能应该是比较有限的。
方法：
三个输入文件，分别是
monomer1.com
monomer2.com
dimer.com输入文件需要的关键词：nosymm punch=mo iop(3/33=1），详见源代码中的readme.txt

需要计算产生的6个文件，分别是：
monomer1.log,  monomer1.pun (monomer1.com计算产生的fort.7改名而来)
monomer2.log,  monomer2.pun (monomer2.com计算产生的fort.7改名而来）
dimer.log， dimer.pun (dimer.com计算产生的fort.7改名而来）
Windows下产生的.out文件直接改后缀名成.log就可以了

压缩包解压，将这六个文件拷贝到文件夹内，在文件夹目录打开powershell（可shift+右键启动），输入：
.\rewrite_S_phi_E.exe monomer1 monomer2 dimer （分别是三个计算的文件名，不加文件后缀）
回车

正常的话会出现类似如下信息：
Assuming not using ZINDO
NBasis = 249
Read in S...  NBsUse = 249
Read in MOs
NBasis = 249
Read in S...  NBsUse = 249
Read in MOs
NBasis = 498
Read in S...  NBsUse = 498
Read in MOs

同时在文件夹内产生7个文件，分别是：
Evls_pair.txt
S_1.txt
S_2.txt
S_3.txt
Mos_1.txt
Mos_2.txt
Mos_3.txt
然后在此文件夹运行matlab源代码——get_J.m ，需要两个值，一个是Nbasis，一个是Nhomo_mon，可在源代码里指定，也可执行程序时输入。我在matlab环境下编译了一个get_J.exe，但是依赖MCR，因此这样做毫无意义，大家直接跑matlab源代码就好了。正常情况下会出现类似如下信息：

Assumes the presence of the following files: MOs_1.txt, MOs_2.txt, MOs_pair.txt, S_1.txt, S_2.txt, S_pair.txt, Evls_pair.txt
!!! Octave counts from 1 !!!
Number of MOs (of monomer)=249
HOMO (of monomer)=44
E1_E2 =

-0.4988

half_HOMO_diff =

0.2547

Non_degenerate_HOMO_coupling =

-0.0250

Non_degenerate_LUMO_coupling =

0.1157

结束！！

这个程序有一定的限制，源代码中写道：
if (mon1.Nbasis!=mon2.Nbasis || pair.Nbasis!=2*mon1.Nbasis) {
      cerr << "***Error***: Unexpected basis sets\n";
      return (-2);

因此两个单分子的结构不同貌似是不行的。期待sob老师今年即将发布的计算程序（http://bbs.keinsci.com/thread-1732-1-1.html）！

作者
Author: 未名|梧桐雨 时间: 2022-9-11 14:12
大佬您好，非常感谢您分享的windows版本解决了我的燃眉之急，我跑了您提供的算例以及JfromG03自带的乙烯算例，都没有问题。接着我自己分别使用G16和G09跑了乙烯的com文件，并按照说明提交了pun和log文件，结果报错了：提示基组轨道数不清楚，可以麻烦您帮我查看一下问题吗？十分感谢（小弟我逐句查看了log文件的内容，发现和算例结构几乎完全一样，但是就是不识别，不知道哪里出了问题）

我的邮箱：guatong@pku.edu.cn
我的微信 ljt970659262

作者
Author: Larry2022 时间: 2023-9-23 18:04
非常感谢！还有我想请教一下，最后的结果中我们想要的电荷转移积分是哪一项得结果呢？

作者
Author: Puying 时间: 2023-9-27 19:31

Larry2022 发表于 2023-9-23 18:04
非常感谢！还有我想请教一下，最后的结果中我们想要的电荷转移积分是哪一项得结果呢？

是含有coupling字眼的项。不过这个帖子已经过时了。论坛里有好多其他的的计算方法可以参考，甚至也有计算脚本。

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