社长，威武，

zako 发表于 2024-9-5 20:04
Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gauss ...

You should add option for xtb code like that you mentioned.

zako 发表于 2024-9-5 20:04
Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gauss ...

It should be the latter. During the calculation process, Gaussian only acts as an optimizer, and all energy-related calculations are performed by the external program pointed to by the external keyword, so the energy-related settings are also external.

Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gaussview "ex scrf=(solvent=thf)", or add solvent to xtb code using --gbsa ? what's best

maximos 发表于 2024-9-4 18:51
Is it possible to use the generated checkpoint file from optimisation (mol.chk) to run a DFT calcula ...

The chk file produced by this Gaussian+xtb running may be used to provide geometry for subsequent DFT calculation, but this running cannot provide wavefunction as initial guess for subsequent DFT calculation.

Is it possible to use the generated checkpoint file from optimisation (mol.chk) to run a DFT calculation (at B3LYP for ex) ? (I mean read geometry and wave function),
because i tried and didn't work.

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-27 10:38
xtb。您翻到s开头的附件后面有很多的 Error: Cannot find .xtboptok file! The task is failed! 文本末尾 ...

                         *** Configuration     4  ***
Current date: 2023-11-27   Time: 10:13:57
Loading geometry         4 from the inputted trajectory file
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:       6 s
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:       5 s


                         *** Configuration     3  ***
Generating xtb.xyz file...
                         *** Configuration     4  ***

诸如以上信息都是错乱的，明显并行方式不当，肯定是同时运行了多个molclus进程，输出信息搅合在一起，结果能正常就怪了，运行效率不巨低就怪了

sobereva 发表于 2023-11-27 02:14
说清楚什么程序崩溃
molclus调用xtb优化，在优化过程中不收敛，不可能导致molclus崩溃

xtb。您翻到s开头的附件后面有很多的 Error: Cannot find .xtboptok file! The task is failed! 文本末尾显示srun: error: g0503: tasks 0-11,13-23: Killed
我在论坛里搜了一下这个问题，看了环境配置都是对的，xtb.out也没看出来啥问题。我跑了您在一个文章中的6个Li的团簇搜索，完全没问题。麻烦您看看我这个是啥问题。

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 22:34
好的，老师，谢谢您。还有个问题我想请教一下您，我是在做单个四氧化三铁团簇的构象搜索，用的是Fe.xyz和 ...

说清楚什么程序崩溃
molclus调用xtb优化，在优化过程中不收敛，不可能导致molclus崩溃

sobereva 发表于 2023-11-26 20:12
xtb又不会自动给你优化里面每一帧的结构，当然得用molclus调用xtb

好的，老师，谢谢您。还有个问题我想请教一下您，我是在做单个四氧化三铁团簇的构象搜索，用的是Fe.xyz和O.xyz，分别为3和4个。但是genmer产生的结构质量很差，用molclus调用xtb去优化由于结构过于离谱优化100来个程序就崩溃了。请问在用genmer产生初始的结构时有什么建议吗？要做一些什么约束呢？

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 11:26
请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 20 ...

看卢老师博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》

技巧：利用crest程序节约xtb批量优化大量结构阶段的耗时

在前面文章中我们看到，Molclus结合xtb可以快速对xyz文件里记录的大批量结构进行快速优化。实际上这个阶段还可以明显节约时间，也就是利用crest程序。crest可执行程序在xtb的github页面上就能下载到。Molclus调用xtb时是对traj.xyz文件里的结构一个接一个来优化的，xtb在执行时是用OMP_NUM_THREADS环境变量指定的线程数做并行计算。而crest调用xtb来优化时，会同时启动OMP_NUM_THREADS个xtb程序同时对输入的xyz里的结构进行批量优化，每个xtb都只用单线程。crest这种方式调用xtb做批量优化的总耗时明显更低。

具体来说，运行以下命令就可以在GFN0-xTB级别下用normal几何优化收敛限（这是xtb默认的收敛限）对traj.xyz里所有结构进行优化：
/sob/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
其中/sob/crest是crest可执行文件路径，-niceprint代表计算过程中显示进度条。还可以用-chrg指定体系净电荷数，-uhf指定自旋，-g [溶剂名]指定溶剂模型。

计算完毕后在当前目录下得到了crest_ensemble.xyz文件，记录了优化后每一帧的结构和能量。从Molclus 1.9.3版开始，自带的isostat工具也能处理这个文件，当发现文件名里面有crest字样的时候就会自动以crest_ensemble.xyz文件的格式来读取内容，然后进行去重、排序并得到cluster.xyz。

用此做法对本文例子里高温MD跑完后的2000个结构用此方法优化，在笔者的Intel 36核机子上只花了11分钟，比起用Molclus调用xtb优化的时间节约了一个数量级。类似地，之后用GFN2-xTB在水模型下批量优化的那个阶段也可以借用crest来显著降低耗时。

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 11:26
请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 20 ...

xtb又不会自动给你优化里面每一帧的结构，当然得用molclus调用xtb

请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 200_Fe3O4.xyz --gfn 1 --opt tight -c 0 -u 5

sobereva 发表于 2023-7-23 23:48
自己改脚本，把xtb显示的这种信息重定向到/dev/null里避免显示

xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --hess --grad > xtbout 2>&1 进行了如下修改，程序运行后在屏幕上不显示了。谢谢sob老师

PESPES 发表于 2023-7-23 16:06
在xtb.sh 中添加了unset KMP_STACKSIZE语句，OMP: Warning #182: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_ST ...

自己改脚本，把xtb显示的这种信息重定向到/dev/null里避免显示