| 您好，请问一下纵坐标值很大是什么原因？我看您的值很小 |
namd学者 发表于 2021-10-28 17:04 如果你用的是gromacs，用gmx msd是最佳选择，牵扯不到VMD |
namd学者 发表于 2021-10-28 17:04  直接用gmx 自带的根据 gmx msd 就可以计算啊 |
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24 社长，请问用VMD可以计算MSD吗？ |
本帖最后由 青青青 于 2019-3-28 16:22 编辑 sobereva 发表于 2018-7-1 05:08 嗯嗯 |
青青青 发表于 2018-6-30 21:39 不管体系是否达到平衡，磷脂始终有扩散现象，不扩散的话就不处于流体状态了。不同模拟时段的扩散系数大小和体系是否达到平衡没必然关系。从当前情况看，无论是否达到根据你提到的标准定义的平衡，扩散特征并没表现出什么不同，这是正常的。 |
sobereva 发表于 2018-6-30 01:25 老师 我是根据序参数和单磷脂分子面积稳定状态看的体系平衡，50ns左右平衡，磷脂分子MSD从5ns左右开始到最终一直呈斜率稳定的直线。。我知道MSD会一直增大，但是体系稳定了的话增大的趋势会变小吧，MSD呈直线增大，您觉得这有问题吗？可以解释这种现象吗？ 难道说颗粒对膜的MSD没有影响吗？ 感谢老师一直的回复，真心感谢您！！谢谢！ |
青青青 发表于 2018-6-29 19:02 我不知道你怎么衡量的什么时候到达了平衡，当前结果并没什么异常。 MSD肯定会一直增大，否则就没有扩散运动了 |
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24 老师，那我做的纳米颗粒跨磷脂膜的模拟，分析磷脂分子的MSD来看膜的流动性，从5ns开始到结束一条斜率稳定的直线，但是体系在50ns 左右才平衡啊，有点想不通。盒子中的磷脂分子属于自由扩散吗？ 还有MSD一直增大这个问题，请问以您可以详细解释一下吗？ |
k64_cc 发表于 2018-6-28 16:19 我模拟的150ns的时间，从几ns斜率就不变了，但体系在几ns没稳定啊，而且，根据MSD 的定义，趋于平衡的时候，离子不就基本稳定了吗，那位置变化就小了吧，那MSD不应该趋于平缓吗？ |
青青青 发表于 2018-6-28 16:17 体系稳定，扩散系数稳定，MSD斜率稳定，不就是一条斜线了… |
k64_cc 发表于 2018-6-28 16:14 做出来曲线是这样，可是就是不能解释MSD的值一直升高呢 |
青青青 发表于 2018-6-28 12:52 谁说的…… 要不你先做个LJ particle的MSD感受一下，如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。 |
本帖最后由 青青青 于 2018-7-3 21:34 编辑 sobereva 发表于 2018-6-27 14:24 老师，那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢，MSD曲线是一条直线，按说趋近稳定过程了，MSD增大的趋势应该会变小吧？（并不是说MSD会减小） |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-26 02:46 , Processed in 0.198492 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites