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[GROMACS] 请问计算msd时间段如何选取

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发表于 2018-6-10 10:41:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 青青青 于 2018-6-10 10:43 编辑

首先十分感谢您的回复!
msd在体系平衡时计算才有意义,因此 我计算了体系的总能量如图。能量很快就平衡了,是不是15ns之后到结束前一段时间都可以用来计算扩散系数呢?
我计算了整个模拟时间段的msd曲线如图:,要按斜率平稳的曲线看的话,选取的时间段在20-50ns处?请问计算msd的时间段怎么选取呢?
我图里的msd最后的时候数据上升的很快,是由于时间太长误差引起的吗?msd表示位移距初始时刻的变化,那体系平衡的时候,颗粒位置应该稳定了吧?为什么msd数值还会变大这么多呢?十分感谢!!
RY]KVO4S@Y9[2[@Z8~7G~HO.png


整个模拟时间msd

整个模拟时间msd
J0FU]V0(634G2M([I`9{A8B.png

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 楼主| 发表于 2018-6-10 10:45:40 | 显示全部楼层
不好意思,图片发重了,删不了了

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发表于 2018-6-10 10:51:20 | 显示全部楼层
重新编辑帖子就能删,看置顶的新人必读贴
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发表于 2018-6-10 10:53:37 | 显示全部楼层
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充分平衡了

MSD曲线越靠后统计误差越大,因此不要取太靠后的。而且应当取比较平直的区域。论坛里有扩散系数、MSD的讨论,首页google框搜索就能搜到
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 楼主| 发表于 2018-6-10 16:04:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充 ...

非常谢谢您老师,那msd最后的时间段数据变大,就是由于误差引起的吧?我把论坛里的内容goole一下。

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 楼主| 发表于 2018-6-10 18:17:33 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-10 10:53
体系的属性有的收敛得快,有的收敛得慢。凝聚相体系的总能量收敛总是很快的,不代表这个收敛了体系就已经充 ...

老师,那怎么看体系平衡了没有呢

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发表于 2018-6-11 05:51:58 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2018-6-10 18:17
老师,那怎么看体系平衡了没有呢

先得明确是什么体系。不同的体系,恰当的判断平衡的方式各有不同,得结合体系特征来考虑
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 楼主| 发表于 2018-6-21 21:58:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-11 05:51
先得明确是什么体系。不同的体系,恰当的判断平衡的方式各有不同,得结合体系特征来考虑

好的,谢谢老师!
请问老师,我想算一个颗粒的MSD,用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标,再根据 MSD={|r ⃗(t)-r ⃗(0)|^2 } 的计算公式计算z轴方向位移变化,得出的MSD可取吗?

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发表于 2018-6-22 12:39:14 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2018-6-21 21:58
好的,谢谢老师!
请问老师,我想算一个颗粒的MSD,用gromacs里的g_traj命令测出颗粒的质心坐标,再根据 ...

直接用gmx MSD计算不行?
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 楼主| 发表于 2018-6-26 20:43:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-22 12:39
直接用gmx MSD计算不行?

因为用公式计算的话,MSD会趋于一个定值,可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话,MSD曲线一直增大,是不是就说明颗粒没有平衡呢?谢谢您!

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发表于 2018-6-27 14:24:43 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2018-6-26 20:43
因为用公式计算的话,MSD会趋于一个定值,可以说明平衡之后颗粒的位置稳定了。而用gmx msd算的话,MSD曲 ...


可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平横线了,那扩散系数就成了0了,粒子都不动了

倘若你的目的不是研究扩散,而只是说明粒子最后位置稳定在某处,那直接把粒子坐标随时间变化的曲线画出来就完了,一看基本是在某个值上下波动就能说明了,牵扯不到MSD
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 楼主| 发表于 2018-6-28 12:52:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 青青青 于 2018-7-3 21:34 编辑
sobereva 发表于 2018-6-27 14:24
可以自由扩散的粒子的MSD曲线本来就应该一直增大。
扩散系数是MSD曲线的斜率,倘若MSD到最后成了水平 ...

老师,那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢,MSD曲线是一条直线,按说趋近稳定过程了,MSD增大的趋势应该会变小吧?(并不是说MSD会减小)

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发表于 2018-6-28 16:14:53 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2018-6-28 12:52
老师,那我做的磷脂分子的扩散系数为啥从开始到介绍一直不变呢,MSD曲线是一条直线,按说趋近稳定过程了 ...

谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下,如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

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 楼主| 发表于 2018-6-28 16:17:13 | 显示全部楼层
k64_cc 发表于 2018-6-28 16:14
谁说的……
要不你先做个LJ particle的MSD感受一下,如果情况单纯的话MSD就应该是一条斜线。

做出来曲线是这样,可是就是不能解释MSD的值一直升高呢

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发表于 2018-6-28 16:19:35 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2018-6-28 16:17
做出来曲线是这样,可是就是不能解释MSD的值一直升高呢

体系稳定,扩散系数稳定,MSD斜率稳定,不就是一条斜线了…
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