VMD 氢键分析出错

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发布时间: 2018-6-11 21:18

我用cp2k获得了轨迹文件，随后用vmd 1.9.3进行氢键分析，我尝试了两种方法： (1) 用extensions-analysis-Hydrogen Bonds，设置好了selection1、selection2、长度判据和角度判据，然后Find hydrogen bonds。但是 ...

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hstime891013 发表于 Post on 2023-8-4 17:13:28

13215633113 发表于 2018-10-28 22:50
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請問您後來有解決這個問題了嗎？

星空DMU 发表于 Post on 2019-10-24 16:06:14

13215633113 发表于 2018-10-28 22:50
我也遇到了同样的问题，氢键数目计算我写的 “name H O”报的错误和您的第一个错误“list element in brace ...

请问你解决没有

13215633113 发表于 Post on 2018-10-28 22:50:35

我也遇到了同样的问题，氢键数目计算我写的 “name H O”报的错误和您的第一个错误“list element in braces followed by ":" instead of space”一样。我把距离改成3.5依然报同样的错误。请问您是如何解决这个问题的？

化学势 发表于 Post on 2018-6-14 14:31:40

sobereva 发表于 2018-6-12 05:42
2.5埃距离太近
起码3.0埃
一般都用3.5埃

谢谢Sob老师，的确是长度的问题。问题已经解决了。

sobereva 发表于 Post on 2018-6-12 05:42:19

2.5埃距离太近
起码3.0埃
一般都用3.5埃

如果搞不清楚情况，把representation改成Hbonds显示方式，恰当设定阈值，确保在图形窗口能看到氢键再说

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