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[VMD] VMD 氢键分析出错

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发表于 2018-6-11 21:18:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
我用cp2k获得了轨迹文件,随后用vmd 1.9.3进行氢键分析,我尝试了两种方法:


(1) 用extensions-analysis-Hydrogen Bonds,设置好了selection1、selection2、长度判据和角度判据,然后Find hydrogen bonds。但是不幸的是,我遭遇了这样的ERROR:
list element in braces followed by ":" instead of space
list element in braces followed by ":" instead of space
    while executing
"llength $title"
    (procedure "calculate_labelsize" line 63)
    invoked from within
"calculate_labelsize"
    (procedure "plot_update" line 57)
    invoked from within
"plot_update"
    (procedure "::MultiPlot::Plot2::plothandle" line 5)
    invoked from within
"$plothandle replot"
    (procedure "::hbonds::hbonds" line 515)
    invoked from within
"::hbonds::hbonds -gui 1 -dist $::hbonds::guiDist -ang $::hbonds::guiAng -writefile $::hbonds::guiWrite -outdir $::hbonds::guiOutdir -frames $::hbonds:..."
    invoked from within
".hbonds.control.button invoke"
    ("uplevel" body line 1)
    invoked from within
"uplevel #0 [list $w invoke]"
    (procedure "tk::ButtonUp" line 24)
    invoked from within
"tk::ButtonUp .hbonds.control.button"
    (command bound to event)



(2) 如图所示,使用TkConsole,定义CLUSTER和SRF,然后使用命令:
measure hbonds 2.5 20 $CLUSTER $SRF
结果得到了:
{} {} {}
显然不是正常的输出结果


经过了一段时间的摸索,仍然不知道如何解决上述问题,望各位老师不吝赐教!





ERROR 2.png

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发表于 2018-6-12 05:42:19 | 显示全部楼层
2.5埃距离太近
起码3.0埃
一般都用3.5埃

如果搞不清楚情况,把representation改成Hbonds显示方式,恰当设定阈值,确保在图形窗口能看到氢键再说
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 楼主| 发表于 2018-6-14 14:31:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-12 05:42
2.5埃距离太近
起码3.0埃
一般都用3.5埃

谢谢Sob老师,的确是长度的问题。问题已经解决了。

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发表于 2018-10-28 22:50:35 | 显示全部楼层
我也遇到了同样的问题,氢键数目计算我写的 “name H O”报的错误和您的第一个错误“list element in braces followed by ":" instead of space”一样。我把距离改成3.5依然报同样的错误。请问您是如何解决这个问题的?
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