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oyljw 发表于 2018-6-20 14:00
假设两个原子中间点当作π了，并且知道其坐标，比如苯环C1,C4位原子坐标加和后除以2得到坐标了（设为点P） ...

你只能得到N-H...P的距离，并没法做所谓的这种类型的拓扑分析（不是技术上没法做，而是原理上本来就没法那么说。直接问作者最省事）。

刚进入拓扑分析时候屏幕上提示了，当前功能输出的长度单位都是Bohr

假设两个原子中间点当作π了，并且知道其坐标，比如苯环C1,C4位原子坐标加和后除以2得到坐标了（设为点P），想做N-H...P之间的AIM分析（尽管这样做并不严格），
请问选2拓扑分析之后选哪个选项呢，怎么继续操作呢？   另外AIM分析中CPs的Position 的单位是什么呢  是xyz笛卡尔坐标，还是bohr，耽误您的宝贵时间了 谢谢了。

谢谢老大！

我暂时没时间仔细看这文章。C-H...π距离怎么得到，如果文章没说明，只有作者自己知道确切答案，你可以发邮件问他。比如可能是用俩原子连线中点的位置当做pi的位置。

你可以对那体系做AIM拓扑分析，看看是不是作者把某个BCP“当做”了N−H···N的BCP看待。当然，作者自己最清楚是怎么回事。

ghost原子和当前问题无关，这样处理也不合适。
本身电子密度在pi区域并没有极大点，没有对应的(3,-3)，也注定没有严格意义的对应于与pi作用的BCP。