Multiwfn做C-H•••Pi Interactions咨询

oyljw

看到了一篇印度人使用Multiwfn的JPCA文章，对其中的一个表格产生了兴趣，不知到数据怎么得出的，向大家请教。文章是：Host–Guest Interactions Accompanying the Encapsulation of 1,4-Diazabicyclo[2.2.2]octane within endo-Functionalized Macrocycles。
J. Phys. Chem. A, 2017, 121 (19), pp 3792–3802。（不下载文献也可以明白我要问的问题）
其中的表2 中有
                                r                      ρ                        ∇2ρ    ...................
C-H... π.                 2.7533            0.0070               0.0216
N−H... N                 2.0228            0.0275               0.0667

对于N−H···N来说，我的理解r就是N...N的距离，可是对于C-H...π, 这个距离怎么得到，更难的是对于 ρ ，和 ∇2ρ 是怎么得到的呢？临界点不是得有原子吗π也没有原子呀？

我曾思考了才提问的，我想可否在获得fchk文件的时候在π环的中心（质量中心）上添加一个鬼原子Bq呢？然后再计算它获得的fchk文件，用Multiwfn计算C-H... 鬼 相互作用，从而来代替C-H... π.的数值，这样可以吗？  抑或有其他更好更直接的方法来得到C-H... π的 r， ρ 和 ∇2ρ 的值呢？


各位兄弟我是小白水平，在计算方面属于刚出道不久，还请江湖上各门各派武功高强的朋友不吝赐教！不胜感激！

sobereva

我暂时没时间仔细看这文章。C-H...π距离怎么得到，如果文章没说明，只有作者自己知道确切答案，你可以发邮件问他。比如可能是用俩原子连线中点的位置当做pi的位置。

你可以对那体系做AIM拓扑分析，看看是不是作者把某个BCP“当做”了N−H···N的BCP看待。当然，作者自己最清楚是怎么回事。

ghost原子和当前问题无关，这样处理也不合适。
本身电子密度在pi区域并没有极大点，没有对应的(3,-3)，也注定没有严格意义的对应于与pi作用的BCP。

oyljw

谢谢老大！

oyljw

假设两个原子中间点当作π了，并且知道其坐标，比如苯环C1,C4位原子坐标加和后除以2得到坐标了（设为点P），想做N-H...P之间的AIM分析（尽管这样做并不严格），
请问选2拓扑分析之后选哪个选项呢，怎么继续操作呢？   另外AIM分析中CPs的Position 的单位是什么呢  是xyz笛卡尔坐标，还是bohr，耽误您的宝贵时间了 谢谢了。

sobereva

oyljw 发表于 2018-6-20 14:00
假设两个原子中间点当作π了，并且知道其坐标，比如苯环C1,C4位原子坐标加和后除以2得到坐标了（设为点P） ...

你只能得到N-H...P的距离，并没法做所谓的这种类型的拓扑分析（不是技术上没法做，而是原理上本来就没法那么说。直接问作者最省事）。

刚进入拓扑分析时候屏幕上提示了，当前功能输出的长度单位都是Bohr

oyljw

Thank  you！ 非常感谢！