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添加离子时出错,atomtype na not found 求助

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发布时间: 2018-8-13 16:45

正文摘要:

大家好,本人最近在学习用GROMACS进行蛋白配体复合物的分子动力学模拟。 最终得到了转换好的小分子gro和top文件,蛋白是按照pdb2gmx来创建蛋白的top文件,并按照官网教程修改了蛋白top文件,修改后如下图所示: ...

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furliujing 发表于 Post on 2019-10-13 17:54:07
wbn 发表于 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

是在什么文件里面必须这么做
furliujing 发表于 Post on 2019-10-13 10:45:03
我将itp下的原子结构复制到topol中也还是会出现这种错误,求大佬求解
少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-27 08:29:04
sobereva 发表于 2019-3-27 04:28
时不时看北京科音官网或者本论坛首页,报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名,报名开始后一刻钟 ...

感谢老师!
sobereva 发表于 Post on 2019-3-27 04:28:34
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-26 10:08
师兄,您一定参加过培训,请问您,怎样能保证一定抢的到名额呢?  暑假的培训 万分期盼!

时不时看北京科音官网或者本论坛首页,报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名,报名开始后一刻钟内发报名表就能报上,没什么难的。
也可以关注北京科音微信公众号,培训前一天一般会发通知统一提醒一下,免得忘记
少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-26 10:08:31
lonemen 发表于 2018-8-18 11:30
谢谢!这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。

师兄,您一定参加过培训,请问您,怎样能保证一定抢的到名额呢?  暑假的培训 万分期盼!
青青青 发表于 Post on 2019-3-26 09:40:27

好的,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2019-3-25 00:33:08
青青青 发表于 2019-3-24 19:04
请问atomtypes中各原子的sigma,epsilon这些参数怎么找到的?

看力场原文
青青青 发表于 Post on 2019-3-24 19:04:20
泰无聊了 发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导,已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是:在小 ...

请问atomtypes中各原子的sigma,epsilon这些参数怎么找到的?
lonemen 发表于 Post on 2018-8-18 11:30:11
谢谢!这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。
泰无聊了 发表于 Post on 2018-8-16 09:28:31
sobereva 发表于 2018-8-15 16:14
这和大小写没关系。只要按照gmx的规则,先彻底定义完atomtypes(是否以include形式引入,是一个[atomtype ...

明白了,感谢老师的指教!
sobereva 发表于 Post on 2018-8-15 16:14:30
泰无聊了 发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导,已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是:在小 ...

这和大小写没关系。只要按照gmx的规则,先彻底定义完atomtypes(是否以include形式引入,是一个[atomtypes]还是多个,这都无所谓),之后定义各种moleculetypes,那么moleculetypes里用到的原子类型一定已经之前在atomtypes里定义过了,这就势必不会出错
泰无聊了 发表于 Post on 2018-8-15 15:39:11
wbn 发表于 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

感觉wbn老师指教,已解决问题。
sobereva 发表于 Post on 2018-8-14 09:54:18
一定要记住这页幻灯片


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