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[GROMACS] 添加离子时出错,atomtype na not found 求助

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大家好,本人最近在学习用GROMACS进行蛋白配体复合物的分子动力学模拟。
最终得到了转换好的小分子gro和top文件,蛋白是按照pdb2gmx来创建蛋白的top文件,并按照官网教程修改了蛋白top文件,修改后如下图所示:

接下来构建溶剂盒子(spc水)并添加溶剂,在添加离子的时候我使用gmx grompp -f minim.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 命令,出现如下报错:Atomtype na not found,我检查小分子itp文件发现atomtpye里已经包含这个原子类型,如下图所示:

请问出现这个问题的原因是我top文件的的顺序出了问题吗?想求教一下具体的原因,非常感谢~

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发表于 Post on 2018-8-13 20:02:46 | 只看该作者 Only view this author
按照我们的做法是,先用grompp进行能量最小化,然后才加的离子,在修改top文件和mdp文件。我也是刚入门,如果找到原因,烦请告知一下,谢谢!

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发表于 Post on 2018-8-14 01:20:18 | 只看该作者 Only view this author
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

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发表于 Post on 2018-8-14 09:54:18 | 只看该作者 Only view this author
一定要记住这页幻灯片


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-15 15:37:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-14 09:54
一定要记住这页幻灯片

感谢sobereva的指导,已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是:在小分子中将[atomtypes]写入[moleculetype]之前,之后仍然会出现atometype not found的报错,这是因为小分子力场和amber力场大小写不同导致,接下来将[ atomtypes ]写入topol文件中,位于
之间,如下图所示:

之后运行就不会出现报错。
非常感谢大家的指导~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-15 15:39:11 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2018-8-14 01:20
必须在[ moleculetype ] 出现之前定义完所有的 [ atomtype ]

感觉wbn老师指教,已解决问题。

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发表于 Post on 2018-8-15 16:14:30 | 只看该作者 Only view this author
泰无聊了 发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导,已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是:在小 ...

这和大小写没关系。只要按照gmx的规则,先彻底定义完atomtypes(是否以include形式引入,是一个[atomtypes]还是多个,这都无所谓),之后定义各种moleculetypes,那么moleculetypes里用到的原子类型一定已经之前在atomtypes里定义过了,这就势必不会出错
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-16 09:28:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-15 16:14
这和大小写没关系。只要按照gmx的规则,先彻底定义完atomtypes(是否以include形式引入,是一个[atomtype ...

明白了,感谢老师的指教!

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发表于 Post on 2018-8-18 11:30:11 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
谢谢!这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。

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发表于 Post on 2019-3-24 19:04:20 | 只看该作者 Only view this author
泰无聊了 发表于 2018-8-15 15:37
感谢sobereva的指导,已经发现问题并解决了问题。发现是没有正确include导致的报错。
解决方案是:在小 ...

请问atomtypes中各原子的sigma,epsilon这些参数怎么找到的?
生活需要勇气,一定要坚持下去!

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发表于 Post on 2019-3-25 00:33:08 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-3-24 19:04
请问atomtypes中各原子的sigma,epsilon这些参数怎么找到的?

看力场原文
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发表于 Post on 2019-3-26 09:40:27 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师
生活需要勇气,一定要坚持下去!

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发表于 Post on 2019-3-26 10:08:31 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2018-8-18 11:30
谢谢!这张幻灯片竟然在讲义中没留意到。

师兄,您一定参加过培训,请问您,怎样能保证一定抢的到名额呢?  暑假的培训 万分期盼!
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-3-27 04:28:34 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-26 10:08
师兄,您一定参加过培训,请问您,怎样能保证一定抢的到名额呢?  暑假的培训 万分期盼!

时不时看北京科音官网或者本论坛首页,报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名,报名开始后一刻钟内发报名表就能报上,没什么难的。
也可以关注北京科音微信公众号,培训前一天一般会发通知统一提醒一下,免得忘记
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发表于 Post on 2019-3-27 08:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 04:28
时不时看北京科音官网或者本论坛首页,报名开始前至少一个礼拜会预告什么时候开始报名,报名开始后一刻钟 ...

感谢老师!
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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