sobereva 发表于 2019-7-29 22:54
直角坐标指的是笛卡尔坐标，不是让你真的把坐标调成直角

明白了，谢谢老师

1316615557 发表于 2019-7-29 09:36
老师您好，用直角坐标优化是把成180°的角调为直角再做优化吗？我当时考虑也可能是初始结构搭的不合理， ...

直角坐标指的是笛卡尔坐标，不是让你真的把坐标调成直角

beefly 发表于 2019-7-21 04:18
在一般情况下，这类问题可以改用直角坐标优化，如果预知最终的键角就是180，也可以用z-matrix优化并把180 ...

老师您好，用直角坐标优化是把成180°的角调为直角再做优化吗？我当时考虑也可能是初始结构搭的不合理，调整了一下初始结构再计算就没有直线角的出现了。

1316615557 发表于 2019-7-19 15:21
您好，请问如果在计算TS时出现180°角怎么处理呢？

在一般情况下，这类问题可以改用直角坐标优化，如果预知最终的键角就是180，也可以用z-matrix优化并把180度键角固定（要借助虚原子）。但是oniom比较特殊，它内部绑定了冗余内坐标（g03，g09是如此，g16未测试），所以没办法避免，只能从chk读入最后一次结构继续算

beefly 发表于 2018-9-24 08:06
这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面 ...

您好，请问如果在计算TS时出现180°角怎么处理呢？

beefly 发表于 2018-9-30 20:11
把那些接近180出问题的角度人为拉直。gaussian产生内坐标的时候，就会针对180度角做特殊处理

后来把有机分子整个放到QM层里就没有报错了，也不算解决了，只能说回避了吧

qianyifuxi 发表于 2018-9-24 10:38
那像我这样的，优化了第一步就出错了，即使读取最后一步，也已经是不合理的结构了，要如何解决呢？

把那些接近180出问题的角度人为拉直。gaussian产生内坐标的时候，就会针对180度角做特殊处理

beefly 发表于 2018-9-24 08:06
这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面 ...

那像我这样的，优化了第一步就出错了，即使读取最后一步，也已经是不合理的结构了，要如何解决呢？

这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面角失效。

如果是一般的计算，用opt=cartesian可以避免此问题。但是oniom结构优化是绑定冗余内坐标的，所以只能复制最后一步的结构粘贴到输入，或者从chk文件读入最后一步的结构，然后重算

sobereva 发表于 2018-9-21 22:31
应当饱和处理，都不放开，要不然一优化簇模型就塌了

多谢sob老师，我试一下

qianyifuxi 发表于 2018-9-21 22:20
截断的残基末端是否要添加cap呢？冻住的骨架在整个优化和频率计算过程中都不放开是吗？

应当饱和处理，都不放开，要不然一优化簇模型就塌了

sobereva 发表于 2018-9-21 21:19
先用amber程序优化，优化完了，把距离小分子一定距离内的残基都保留，残基骨架原子冻住，然后优化

截断的残基末端是否要添加cap呢？冻住的骨架在整个优化和频率计算过程中都不放开是吗？

qianyifuxi 发表于 2018-9-21 20:53
具体是要只保留有机化合物和共价结合的氨基酸，其他残基都删除是吗？

先用amber程序优化，优化完了，把距离小分子一定距离内的残基都保留，残基骨架原子冻住，然后优化