qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:23 是版本的问题，09e才可以 |
qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:39 小分子内部的弱相互作用，靠当前级别描述偏低了。但是low层与QM描述的high层之间的相互作用，实际上是用low层级别，即分子力场描述的，给出的色散作用能达到定性正确。 当前的结构图我看不太清楚。如果都是在QM区域里，这样描述还可以，不过如果反应位点附近一圈原子也能用QM描述更好 |
sobereva 发表于 2018-9-28 23:21 sob老师，按照混合基组的方法，之前中层用了3-21G, 高层成键的那几个原子用6-31g*,跑了之后可以收敛，速度也还行。 但我还有一个问题，看了您的博文 “大体系弱相互作用计算的解决之道”，发现我现在用的基组描述弱相互太低了。 我这个小分子和蛋白氨基酸残基存在氢键和范德华力，用现在的基组是否会影响结构优化？虽然我跑完结构收敛后看起来是合理的，氢键都在。 另外，涉及成键的原子（Cys-SH和小分子上的共价反应基团）之间没有弱相互作用 ，但现在这样算对成键断键位置的活化能计算影响会大吗？ |
柒月小鱼 发表于 2018-9-29 10:11 我用的是G09 D.01, 加在里面用 #p opt oniom(m062x/gen empiricaldispersion=gd3:amber=softfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) 同样还是报错6DS8: Unable to choose the S8 parameter 应该是版本太低了，后来我就没加D3了 |
| D3BJ加在里面 |
qianyifuxi 发表于 2018-9-28 20:04 MM参数应该写在基组定义之前，看http://sobereva.com/g09/m_input.htm这里的输入顺序表格 |
sobereva 发表于 2018-9-28 19:54 那如果想原来中层那些用3-21g,高层用6-31g*,是不是要在connectivity和MM参数之间插入混合机组定义呢？ |
qianyifuxi 发表于 2018-9-28 19:25 是。分得越多情况越复杂，越容易出毛病，而且出了问题越难找原因。而且无意义的划分肯定遭到审稿人comment。 |
本帖最后由 qianyifuxi 于 2018-9-28 19:26 编辑 sobereva 发表于 2018-9-28 19:12 Sob老师,我最初确实是只分了两层，就成键的几个原子(现在的高层）用M062X，其他全用MM。 但是优化了之后有机分子部分明显扭曲变形了，无奈才把其他的有机分子又划分了一个中层，蛋白还是用MM。但跑了之后虽然有机分子结构合理了，几十步以后又和蛋白上一个形成氢键的氨基酸距离过近(NH....N)，1.2A, 在VMD里看都成键了，继续优化到收敛也没有断开。最后没办法就把形成氢键的氨基酸也全都加到中层了，就变成了现在这个样子。 您的意思是现在的中层和高层全部设为高层用M062X，其他用MM是吗？ |
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当前ONIOM的使用严重不合适 只分两层就够了，分得越多麻烦事越多，精度损失越多，你那么弄可能还反倒令耗时更高。QM部分直接用M06-2X就完了，基组都用6-31G*，如果想降低QM部分耗时，不重要原子用3-21G，或者改用B3LYP-D3代替M06-2X test关键词是多余的 就分QM:MM两层的时候，D3可以照常加（但必须是G09 E.01及之后） |
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