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[Gaussian/gview] ONIOM如何添加D3校正?

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本帖最后由 qianyifuxi 于 2018-9-28 17:04 编辑

在用oniom计算时酶促反应活化能时,把体系设置了三层:高层为反应成键断键相关原子,用M062X;中层为有机分子(除成键部分外)和与有机分子存在氢键和明显疏水相互作用的氨基酸,用B3LYP;底层为蛋白其他氨基酸,用amber。
想在M062X和B3LYP上添加D3校正,但直接用EmpiricalDispersion=GD3时,报错R6DS8: Unable to choose the S8 parameter。可能是amber没法D3,但默认对三层都添加D3了,要怎样把D3只加在QM部分呢?




%chk=core-10-3a-02.chk
%mem=4800MB
%nprocshared=48
#p opt oniom(m062x/6-31g(d):b3lyp/6-31g:amber=softfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test EmpiricalDispersion=GD3

ONIOM inputfile generated by pdb2oniom from PDB file core-8a.pdb. No

-1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1
N-N--0.387353   -1   38.46600000   29.42000000   19.84500000 L
H-H-0.300605    -1   38.53300000   30.28100000   20.36800000 L
C-CT-0.037470   -1   38.27000000   28.13900000   20.57500000 L
H-H1-0.152255   -1   37.75300000   27.41700000   19.94300000 L
C-CT--0.032112  -1   39.67200000   27.62000000   20.95100000 L
H-HC-0.030995   -1   40.25800000   27.41600000   20.05400000 L
H-HC-0.030995   -1   40.12200000   28.41600000   21.54500000 L
C-CT--0.020264  -1   39.86700000   26.30300000   21.70100000 L
H-HC-0.030791   -1   40.88700000   26.31000000   22.08500000 L
H-HC-0.030791   -1   39.13000000   26.27400000   22.50300000 L
C-C-0.667812    -1   39.56200000   25.04700000   20.79700000 L




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发表于 Post on 2018-9-28 19:12:26 | 只看该作者 Only view this author
当前ONIOM的使用严重不合适
只分两层就够了,分得越多麻烦事越多,精度损失越多,你那么弄可能还反倒令耗时更高。QM部分直接用M06-2X就完了,基组都用6-31G*,如果想降低QM部分耗时,不重要原子用3-21G,或者改用B3LYP-D3代替M06-2X
test关键词是多余的
就分QM:MM两层的时候,D3可以照常加(但必须是G09 E.01及之后)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-28 19:25:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qianyifuxi 于 2018-9-28 19:26 编辑
sobereva 发表于 2018-9-28 19:12
当前ONIOM的使用严重不合适
只分两层就够了,分得越多麻烦事越多,精度损失越多,你那么弄可能还反倒令耗 ...

Sob老师,我最初确实是只分了两层,就成键的几个原子(现在的高层)用M062X,其他全用MM。
但是优化了之后有机分子部分明显扭曲变形了,无奈才把其他的有机分子又划分了一个中层,蛋白还是用MM。但跑了之后虽然有机分子结构合理了,几十步以后又和蛋白上一个形成氢键的氨基酸距离过近(NH....N),1.2A, 在VMD里看都成键了,继续优化到收敛也没有断开。最后没办法就把形成氢键的氨基酸也全都加到中层了,就变成了现在这个样子。
您的意思是现在的中层和高层全部设为高层用M062X,其他用MM是吗?

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发表于 Post on 2018-9-28 19:54:08 | 只看该作者 Only view this author
qianyifuxi 发表于 2018-9-28 19:25
Sob老师,我最初确实是只分了两层,就成键的几个原子(现在的高层)用M062X,其他全用MM。
但是优化了之后 ...

是。分得越多情况越复杂,越容易出毛病,而且出了问题越难找原因。而且无意义的划分肯定遭到审稿人comment。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-28 20:04:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-28 19:54
是。分得越多情况越复杂,越容易出毛病,而且出了问题越难找原因。而且无意义的划分肯定遭到审稿人commen ...

那如果想原来中层那些用3-21g,高层用6-31g*,是不是要在connectivity和MM参数之间插入混合机组定义呢?

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发表于 Post on 2018-9-28 23:21:29 | 只看该作者 Only view this author
qianyifuxi 发表于 2018-9-28 20:04
那如果想原来中层那些用3-21g,高层用6-31g*,是不是要在connectivity和MM参数之间插入混合机组定义呢?

MM参数应该写在基组定义之前,看http://sobereva.com/g09/m_input.htm这里的输入顺序表格
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发表于 Post on 2018-9-29 10:11:22 | 只看该作者 Only view this author
D3BJ加在里面

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-29 11:23:38 | 只看该作者 Only view this author

我用的是G09 D.01, 加在里面用
#p opt oniom(m062x/gen empiricaldispersion=gd3:amber=softfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3)
同样还是报错6DS8: Unable to choose the S8 parameter
应该是版本太低了,后来我就没加D3了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-29 11:39:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-28 23:21
MM参数应该写在基组定义之前,看http://sobereva.com/g09/m_input.htm这里的输入顺序表格

sob老师,按照混合基组的方法,之前中层用了3-21G, 高层成键的那几个原子用6-31g*,跑了之后可以收敛,速度也还行。

但我还有一个问题,看了您的博文 “大体系弱相互作用计算的解决之道”,发现我现在用的基组描述弱相互太低了。

我这个小分子和蛋白氨基酸残基存在氢键和范德华力,用现在的基组是否会影响结构优化?虽然我跑完结构收敛后看起来是合理的,氢键都在。

另外,涉及成键的原子(Cys-SH和小分子上的共价反应基团)之间没有弱相互作用 ,但现在这样算对成键断键位置的活化能计算影响会大吗?

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发表于 Post on 2018-9-29 12:57:00 | 只看该作者 Only view this author
qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:39
sob老师,按照混合基组的方法,之前中层用了3-21G, 高层成键的那几个原子用6-31g*,跑了之后可以收敛,速 ...

小分子内部的弱相互作用,靠当前级别描述偏低了。但是low层与QM描述的high层之间的相互作用,实际上是用low层级别,即分子力场描述的,给出的色散作用能达到定性正确。

当前的结构图我看不太清楚。如果都是在QM区域里,这样描述还可以,不过如果反应位点附近一圈原子也能用QM描述更好
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发表于 Post on 2018-9-29 16:18:04 | 只看该作者 Only view this author
qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:23
我用的是G09 D.01, 加在里面用
#p opt oniom(m062x/gen empiricaldispersion=gd3:amber=softfirst) nosy ...

是版本的问题,09e才可以

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