计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 【科学进展评论】水分子的色散作用对蛋白质构象分布的影 ...

【科学进展评论】水分子的色散作用对蛋白质构象分布的影响

查看数: 24234 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 4

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

ChemiAndy

发布时间: 2015-6-1 12:34

正文摘要:

本帖最后由 ChemiAndy 于 2015-6-1 14:44 编辑知乎上有一篇牛逼哄哄的帖子，说的是建造Anton的D.E. Shaw的屌丝逆袭故事，大意是不到30岁就混到教授的Shaw不甘于在实验室做模拟，跑到基金市场做自动炒股软件赚了4 ...

回复 Reply

喵星大佬 发表于 Post on 2021-7-16 11:54:33

他们好像是用的Desmond跑的吧，Anton有那么猛么，看他们模拟的体系大小和时间简直就离谱，不知道岛国的GENESIS+FUGAKU跟他们有没有的一拼

ChemiAndy 发表于 Post on 2015-6-27 02:33:35

谢谢指正。这里的翻译的确不准确。

夏夜晚风 发表于 Post on 2015-6-24 12:30:25

楼主翻译有误，不是均匀构象系综，原文是 heterogeneous ensemble of conformations rather
than a single dominant conformation。

bay618 发表于 Post on 2015-6-4 21:55:35

sobereva 发表于 2015-6-1 16:00
这个模拟数据够鬼的，按照J. Chem. Phys. 126, 154707 (2007)，TIP4P2005在300K表面张力是69.3，和实验很 ...

不只是tip4p2005, 除了这个tip4p-d 其他模型都比jcp2007的数据小了5个单位左右, 其他数据比如密度也不一样. 但也想不出什么原因.

ChemiAndy 发表于 Post on 2015-6-1 16:20:51

sobereva 发表于 2015-6-1 16:00
这个模拟数据够鬼的，按照J. Chem. Phys. 126, 154707 (2007)，TIP4P2005在300K表面张力是69.3，和实验很 ...

报告Shaw老大，你的博士后骗你的钱

sobereva 发表于 Post on 2015-6-1 16:00:53

ChemiAndy 发表于 2015-6-1 14:49
补充了性能验证的结果表格。总体上跟TIP4P/2005接近。热容、扩散系数略差了点，但表面张力和介电常数略有提 ...

这个模拟数据够鬼的，按照J. Chem. Phys. 126, 154707 (2007)，TIP4P2005在300K表面张力是69.3，和实验很接近。这篇文章竟然只有63.3，而TIP4P-D却和实验惊人地吻合。可能是模拟参数设定问题导致数值偏低（我发现cutoff小得偏小的话会导致偏低），反过来讲，如果设得合理的话，TIP4P-D模拟表面张力相对于实验值的偏差应该比TIP4P2005大得多。

xiaowu759 发表于 Post on 2015-6-1 15:49:03

本帖最后由 xiaowu759 于 2015-6-1 15:52 编辑

很有趣的故事，谢谢分享！不过有个疑问：得到的构型为什么不与原始的TIP4P水比较呢？

ChemiAndy 发表于 Post on 2015-6-1 14:49:13

补充了性能验证的结果表格。总体上跟TIP4P/2005接近。热容、扩散系数略差了点，但表面张力和介电常数略有提高。

sobereva 发表于 Post on 2015-6-1 14:00:00

暂时没时间仔细读文章，但怀疑TIP4P-D的普适性有多强。
虽然模拟蛋白更合理了，但毕竟参数可调的自由度终究很有限，至少模拟水的性质估计肯定逊于TIP4P2005

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register