nianbin 发表于 2022-3-20 10:16
最简单的办法 该用gromos力场

当前的问题牵扯的是极性氢，极性氢在GROMOS这种联合原子力场里也是要表达的，用GROMOS力场也要面对同样的问题

最简单的办法 该用gromos力场

sobereva 发表于 2022-3-19 08:01
没什么不妥，对于真正重要的分子间相互作用的表达没什么影响

明白谢谢sob老师

Jerryluo 发表于 2022-3-18 11:06
老师，如果有影响的话这样做是不是有点不妥。还是这样采用一些策略的话，只要修改的地方和想要的结果没有 ...

没什么不妥，对于真正重要的分子间相互作用的表达没什么影响

sobereva 发表于 2022-3-18 06:55
显然会
根据力场计算能量的表达式自然会知道

老师，如果有影响的话这样做是不是有点不妥。还是这样采用一些策略的话，只要修改的地方和想要的结果没有很大冲突还是可以接受的(比如注释了拓扑的1-4作用，但是只是想要看轨迹，不涉及能量计算)

Jerryluo 发表于 2022-3-17 17:59
老师好，我想问下这里的修改拓扑会不会对一些性质的计算有影响，比如能量等。

显然会
根据力场计算能量的表达式自然会知道

sobereva 发表于 2019-2-18 16:58
1 由于磺酸基上的氢带的电荷很正，氧带的电荷很负，而且氢的质量很小，在某些情况下，可能出现由于氢受到磺 ...

老师好，我想问下这里的修改拓扑会不会对一些性质的计算有影响，比如能量等。

晓滨MD 发表于 2019-3-20 17:02
求助大佬，acpype是复制（http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/acpype/）acpy ...

机子里先得装ambertools

求助大佬，acpype是复制（http://svn.code.sf.net/p/ccpn/co ... ccpn/python/acpype/）acpype.py里面的内容吗？我是按照./acpype.py -i xxx.mol2这样输入的不能运行啊

1 由于磺酸基上的氢带的电荷很正，氧带的电荷很负，而且氢的质量很小，在某些情况下，可能出现由于氢受到磺酸基上的氧原子的静电吸引太厉害，位移太大而出错。

可以把步长改小，不用LINCS
也可以把氢的原子质量改大，变成重氢，而与之相连的氧的上面质量相应地减少。这样氢的运动就会减慢，避免此问题。
还可以修改拓扑文件，把这个氢与氧之间的1-4作用项给去掉。

2 自行用mouse - add/remove bonds点击两个原子连上