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[GROMACS] 求助:acpype产生带有磷酸基团或者磺酸基团时的itp,模拟时出现LINCS warnings

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本帖最后由 杰小黑 于 2019-2-18 16:22 编辑

背景:在处理目标分子磷霉素(fosfomycin,已经PBE1PBE/6-311g(d,p)下优化)时,利用acpype产生itp、top和gro文件,出现LINCS错误,以为是自己操作,但是试了几个分子后(二甲基咪唑,黄连素和氯霉素)都没有出现错误。于是仔细查看报错,开始时的报错都是磷酸基团上的O-H的bonds that rotated more than 30 degrees。因为是新手,一开始摸不着头脑,于是就去掉了磷酸基团上的两个氢,结果可以正常跑。考虑到是不是磷酸基团和磺酸基团上的H有些特别,容易出错,就找了一个带磺酸基团的有机物和把磷霉素环氧化开环生成邻二醇类的两个分子拿来试了试,结果都是如此,就是磺酸基团和磷酸基团上的O-H容易报bonds that rotated morethan 30 degrees。
处理方法:
(1)退火从0K升温,一样出错。
(2)换了ATB生成itp,成功。
问题:
(2)对于磺酸基团和磷酸基团,是GAFF力场不适合,还是有其它原因,比如md设置,或者其它;
(1)在正常跑完MD后,在VMD中跑轨迹时C-P键没有连接,其它键没有问题,如何把这个键连接上呢。

4.png (22.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

未连接的C-P键

未连接的C-P键

2.png (45.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

磷霉素环氧化加水开环后的有机物

磷霉素环氧化加水开环后的有机物

3.png (48.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

带磺酸基团的有机物

带磺酸基团的有机物

1.png (75.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

磷霉素

磷霉素

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发表于 Post on 2019-2-18 16:58:00 | 只看该作者 Only view this author
1 由于磺酸基上的氢带的电荷很正,氧带的电荷很负,而且氢的质量很小,在某些情况下,可能出现由于氢受到磺酸基上的氧原子的静电吸引太厉害,位移太大而出错。

可以把步长改小,不用LINCS
也可以把氢的原子质量改大,变成重氢,而与之相连的氧的上面质量相应地减少。这样氢的运动就会减慢,避免此问题。
还可以修改拓扑文件,把这个氢与氧之间的1-4作用项给去掉。

2 自行用mouse - add/remove bonds点击两个原子连上

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发表于 Post on 2019-3-20 17:02:36 | 只看该作者 Only view this author
求助大佬,acpype是复制(http://svn.code.sf.net/p/ccpn/co ... ccpn/python/acpype/)acpype.py里面的内容吗?我是按照./acpype.py -i xxx.mol2这样输入的不能运行啊
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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发表于 Post on 2019-3-21 11:50:41 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2019-3-20 17:02
求助大佬,acpype是复制(http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/acpype/)acpy ...

机子里先得装ambertools
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发表于 Post on 2022-3-17 17:59:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-18 16:58
1 由于磺酸基上的氢带的电荷很正,氧带的电荷很负,而且氢的质量很小,在某些情况下,可能出现由于氢受到磺 ...

老师好,我想问下这里的修改拓扑会不会对一些性质的计算有影响,比如能量等。

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发表于 Post on 2022-3-18 06:55:45 | 只看该作者 Only view this author
Jerryluo 发表于 2022-3-17 17:59
老师好,我想问下这里的修改拓扑会不会对一些性质的计算有影响,比如能量等。

显然会
根据力场计算能量的表达式自然会知道
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发表于 Post on 2022-3-18 11:06:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-18 06:55
显然会
根据力场计算能量的表达式自然会知道

老师,如果有影响的话这样做是不是有点不妥。还是这样采用一些策略的话,只要修改的地方和想要的结果没有很大冲突还是可以接受的(比如注释了拓扑的1-4作用,但是只是想要看轨迹,不涉及能量计算)

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发表于 Post on 2022-3-19 08:01:58 | 只看该作者 Only view this author
Jerryluo 发表于 2022-3-18 11:06
老师,如果有影响的话这样做是不是有点不妥。还是这样采用一些策略的话,只要修改的地方和想要的结果没有 ...

没什么不妥,对于真正重要的分子间相互作用的表达没什么影响
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发表于 Post on 2022-3-19 20:06:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-19 08:01
没什么不妥,对于真正重要的分子间相互作用的表达没什么影响

明白谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-3-20 10:16:32 | 只看该作者 Only view this author
最简单的办法 该用gromos力场

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发表于 Post on 2022-3-20 14:22:38 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2022-3-20 10:16
最简单的办法 该用gromos力场

当前的问题牵扯的是极性氢,极性氢在GROMOS这种联合原子力场里也是要表达的,用GROMOS力场也要面对同样的问题
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