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【求助】关于 Gaussian 计算析氢电位,溶解自由能等问题

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发布时间: 2019-3-23 23:33

正文摘要:

本帖最后由 jayster 于 2019-3-23 23:33 编辑 量化初学者,最近我想重复这篇文献(https://doi.org/10.1038/s41563-018-0063-z)里FS.9中的一个数据,但是碰到了许多问题,描述如下: 我想重复的是该图右边红框 ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-3-28 03:12:36
jayster 发表于 2019-3-27 13:42
有一个细节问题想再请教一下。

我 1 楼给的文献中,基组设置采用了 6-311+G(2d,2p),因为文献里只提 ...

这基组对于这两个分子没什么不合理的
jayster 发表于 Post on 2019-3-27 13:42:39
有一个细节问题想再请教一下。

我 1 楼给的文献中,基组设置采用了 6-311+G(2d,2p),因为文献里只提了这一种,所以我在重复文献的时候,所有的计算都采用了该基组。
例如针对 H2 的计算,或是 CF3 这些分子的计算。我想请问这样是不是不太合理?
jayster 发表于 Post on 2019-3-24 16:08:21

好的,谢谢!
h840473807 发表于 Post on 2019-3-24 15:39:22
jayster 发表于 2019-3-24 14:47
谢谢您的回复!

我跟文献的泛函是一致,我觉得我的气相自由能算的是有点问题。我用的是 Sob 老师博客 ...

可以
jayster 发表于 Post on 2019-3-24 14:47:22
h840473807 发表于 2019-3-24 11:12
你的步骤看上去没有问题,不过文章中似乎并没有把气相单点和溶解自由能单独算(不如分别算合理),以 ...

谢谢您的回复!

我跟文献的泛函是一致,我觉得我的气相自由能算的是有点问题。我用的是 Sob 老师博客里提到的“庸人方法”:
庸人:# B3LYP/6-31G* opt freq,读取吉布斯热校正量(Thermal correction to Gibbs Free Energy=)。然后在此结构下计算高精度单点(如# B2PLYP/def2TZVP)。二者相加。
请问 H2 可以用这样的方法计算吗?

谢谢!
h840473807 发表于 Post on 2019-3-24 11:12:37
      你的步骤看上去没有问题,不过文章中似乎并没有把气相单点和溶解自由能单独算(不如分别算合理),以及你们的泛函是否相同?差别很可能就是计算等级和步骤的不同导致的。
      半反应中生成的电子是真空中的电子,自由能为0。这是半反应模型定义出来的,只要所有的半反应都选取这个标准,就可以通过半反应绝对电极电势作差来计算电动势(对于你这个也就是相对电极电势)
      对于气态氢气不需要考虑溶解自由能。

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