| 您好，想请问下您做结合自由能分析的时候是用的什么做的分析呢 |
sobereva 发表于 2019-6-26 03:07 学到了 谢谢老师！ |
lunan815 发表于 2019-6-25 14:52 结合能体现绝对结合强度 分子位置波动范围越小体现结合越紧密 |
sobereva 发表于 2019-6-25 04:22 老师好 我根据您指导 做出小分子的叠加轨迹 十分感谢。然后想请教一下您 小分子在口袋内活动越平滑是代表结合越强烈么 还是说具体得看结合能 |
lunan815 发表于 2019-6-25 12:18 已经解决了 谢谢Sob老师~ |
lunan815 发表于 2019-6-24 19:40 点一下右上角的align按钮就行了 但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动，此时把左边的backbone选上即可 |
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谢谢sob老师！很有帮助！ |
lunan815 发表于 2019-6-23 11:11 
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| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
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| + 4 | 谢谢 |
lunan815 发表于 2019-6-23 11:00 是 你可以在VMD载入轨迹的界面里把stride选项设大，每隔一定帧数才载入一次，这样就不会造成载入过程内存不够 |
| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
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| + 4 | 谢谢 |
sobereva 发表于 2019-6-21 00:28 另外想问下老师VMD该如何做到叠加多帧显示呢 |
sobereva 发表于 2019-6-21 00:28 好的 谢谢sob老师第一次发帖不够规范 抱歉。 我这里的RMSD都是复合物整体。另外想问下您利用VMD取多帧用的是xtc轨迹文件么 因为我的轨迹文件都10个g左右 不知道这样用VMD会不会很吃力 |
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Rg和RMSF分析没太大必要，说明不了什么 结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图，把蛋白质部分消除平动和转动，然后把小分子在模拟过程中多帧（比如取20帧）叠加显示，从图上可以一目了然了解小分子在蛋白质内位置的波动程度。例如下图
你对RMSD描述不够确切，算的是蛋白质、是整体还是只是小分子部分，消除平动转动是对哪部分做的都需要交代清楚。 以后发帖不要用那么大字号，给你改了 |
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