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[GROMACS] 求助配受体复合物RMSD等值的分析问题

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发表于 2019-6-20 10:32:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好 本人是一名在读小硕 因为自身没有相关知识背景 特来求助各位前辈有关MD结果分析的一些问题。
我想做的课题是:验证一个药物分子和三种不同蛋白是否能结合 如果能则筛选出一个结合最紧密的一个蛋白(单纯地只考虑是否能结合,然后用实验去验证)。
因此我MD后做了RMSD、Rg、RMSF以及平均自由结合能的计算。部分结果如下图所示,结合能依次是-146、-114、-108(kj/mol).
我想问的是:1.从RMSD值看三个复合物的变化范围都不大 且值接近 我要怎么定性地描述这个结果(一般看文献中RMSD值是一开始会变化明显 然后逐渐稳定)。
                   2.仅仅从结合能是否能得出结合得最紧密的就是第一个复合物,还是说要把各项分析结合起来得出结论。
                   3.回到最初的目的,我做的这些分析是否能验证三种复合物的结合,会不会做得不够或者多余的分析。
特此向给位前辈求助,不胜感激。

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发表于 2019-6-21 00:28:36 | 显示全部楼层
Rg和RMSF分析没太大必要,说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图,把蛋白质部分消除平动和转动,然后把小分子在模拟过程中多帧(比如取20帧)叠加显示,从图上可以一目了然了解小分子在蛋白质内位置的波动程度。例如下图
vmdscene.jpg

你对RMSD描述不够确切,算的是蛋白质、是整体还是只是小分子部分,消除平动转动是对哪部分做的都需要交代清楚。

以后发帖不要用那么大字号,给你改了
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 楼主| 发表于 2019-6-23 11:00:07 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-21 00:28
Rg和RMSF分析没太大必要,说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图,把蛋白质部分 ...

好的  谢谢sob老师第一次发帖不够规范 抱歉。  我这里的RMSD都是复合物整体。另外想问下您利用VMD取多帧用的是xtc轨迹文件么 因为我的轨迹文件都10个g左右  不知道这样用VMD会不会很吃力

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 楼主| 发表于 2019-6-23 11:11:23 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-21 00:28
Rg和RMSF分析没太大必要,说明不了什么

结合自由能分析就基本够了。也可以用VMD做一张图,把蛋白质部分 ...

另外想问下老师VMD该如何做到叠加多帧显示呢

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发表于 2019-6-24 02:32:09 | 显示全部楼层
lunan815 发表于 2019-6-23 11:00
好的  谢谢sob老师第一次发帖不够规范 抱歉。  我这里的RMSD都是复合物整体。另外想问下您利用VMD取多帧 ...


你可以在VMD载入轨迹的界面里把stride选项设大,每隔一定帧数才载入一次,这样就不会造成载入过程内存不够

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发表于 2019-6-24 02:34:12 | 显示全部楼层
lunan815 发表于 2019-6-23 11:11
另外想问下老师VMD该如何做到叠加多帧显示呢

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 楼主| 发表于 2019-6-24 10:29:23 | 显示全部楼层

谢谢sob老师!很有帮助!

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 楼主| 发表于 2019-6-24 19:40:28 | 显示全部楼层

sob老师打扰了   还有个问题想问下您 就是关于把蛋白质部分消除平动转动  用RMSDTrajectoryTool 这里面参数我需要怎么设置呢
rmsd_trjtool.png

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发表于 2019-6-25 04:22:16 | 显示全部楼层
lunan815 发表于 2019-6-24 19:40
sob老师打扰了   还有个问题想问下您 就是关于把蛋白质部分消除平动转动  用RMSDTrajectoryTool 这里面参 ...

点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动,此时把左边的backbone选上即可
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 楼主| 发表于 2019-6-25 12:18:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-25 04:22
点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动,此时把左边的backbone选上即可

谢谢老师  终于最后做出了这样的效果图 唯一就是发现把蛋白align后 当我用鼠标滑轮放大时发现会变淡直到消失如第二张图一样

1.JPG
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 楼主| 发表于 2019-6-25 12:30:55 | 显示全部楼层
lunan815 发表于 2019-6-25 12:18
谢谢老师  终于最后做出了这样的效果图 唯一就是发现把蛋白align后 当我用鼠标滑轮放大时发现会变淡直到 ...

已经解决了  谢谢Sob老师~

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 楼主| 发表于 2019-6-25 14:52:00 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-25 04:22
点一下右上角的align按钮就行了
但往往是对于蛋白质骨架来消平动转动,此时把左边的backbone选上即可

老师好  我根据您指导 做出小分子的叠加轨迹 十分感谢。然后想请教一下您 小分子在口袋内活动越平滑是代表结合越强烈么 还是说具体得看结合能

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发表于 2019-6-26 03:07:28 | 显示全部楼层
lunan815 发表于 2019-6-25 14:52
老师好  我根据您指导 做出小分子的叠加轨迹 十分感谢。然后想请教一下您 小分子在口袋内活动越平滑是代 ...

结合能体现绝对结合强度
分子位置波动范围越小体现结合越紧密
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 楼主| 发表于 2019-6-26 13:32:13 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-26 03:07
结合能体现绝对结合强度
分子位置波动范围越小体现结合越紧密

学到了  谢谢老师!
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