sobereva 发表于 2019-7-1 10:44
群里我已经回复了，根本就不需要设盒子，应当以非PBC来跑

多谢老师一直帮助我

群里我已经回复了，根本就不需要设盒子，应当以非PBC来跑

你设置的这些参数包括盒子大小都是有文献依据的吗？就做能量最小化问啥设置这么多？

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-6-29 11:09
你把单位搞清楚了，nm 和a gromacs的单位是什么

谢谢回答，我刚确认了一下。截断值单位是nm,我这里用的0.3nm依然出现类似报错，这是怎么回事呢？

你把单位搞清楚了，nm 和a gromacs的单位是什么

sobereva 发表于 2019-6-29 09:12
注意仔细看版头以及论坛首页的红字。我已经把你的标题“离子液体的气相模拟”改了，以后注意。

就是直接 ...

谢谢老师提醒，
ERROR 1 [file ionicbox_GMX.top, line 8736]:
  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or
  longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or
  decrease rlist.
我放进盒子里一对阴阳离子进去就会出现这样错误提示，虽然盒子已经很大100埃，截断值已经很小0.3埃，
; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title           = Minimization  ; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator      = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol           = 1000.0        ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
emstep          = 0.01          ; Energy step size
nsteps          = 10000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1             ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
vdwtype = PME
rvdw = 0.3
vdw-modifier = Potential-Shift
rlist = 0.3
rcoulomb = 0.3
fourierspacing = 0.12
pme-order = 4
ewald-rtol-lj = 0.001
lj-pme-comb-rule = Lorentz-Berthelot
这是我最小化的脚本，这是怎么回事呢

注意仔细看版头以及论坛首页的红字。我已经把你的标题“离子液体的气相模拟”改了，以后注意。

就是直接放一对阴阳离子进去。有问题直接说明报错，以及具体怎么做的，包括结构、mdp等信息