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[GROMACS] 单个离子液体的气相模拟求助

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发表于 2019-6-27 22:13:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
8@LM55L}42XJ6%WMP1)6B4S.jpg 各位老师好,想请教一个疑惑了好久的问题,这个是我在文献上看到的单个离子液体气相模拟,我也尝试用我的分子去做,但每次都失败,我是直接放进去一个离子液体,是不是哪里还没完善,请各位老师指点。

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发表于 2019-6-29 09:12:56 | 显示全部楼层
注意仔细看版头以及论坛首页的红字。我已经把你的标题“离子液体的气相模拟”改了,以后注意。

就是直接放一对阴阳离子进去。有问题直接说明报错,以及具体怎么做的,包括结构、mdp等信息
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 楼主| 发表于 2019-6-29 10:14:52 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-29 09:12
注意仔细看版头以及论坛首页的红字。我已经把你的标题“离子液体的气相模拟”改了,以后注意。

就是直接 ...

谢谢老师提醒,
ERROR 1 [file ionicbox_GMX.top, line 8736]:
  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or
  longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or
  decrease rlist.
我放进盒子里一对阴阳离子进去就会出现这样错误提示,虽然盒子已经很大100埃,截断值已经很小0.3埃,
; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title           = Minimization  ; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator      = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol           = 1000.0        ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
emstep          = 0.01          ; Energy step size
nsteps          = 10000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1             ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
vdwtype = PME
rvdw = 0.3
vdw-modifier = Potential-Shift
rlist = 0.3
rcoulomb = 0.3
fourierspacing = 0.12
pme-order = 4
ewald-rtol-lj = 0.001
lj-pme-comb-rule = Lorentz-Berthelot
这是我最小化的脚本,这是怎么回事呢

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发表于 2019-6-29 11:09:04 | 显示全部楼层
你把单位搞清楚了,nm 和a gromacs的单位是什么
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人(不爱吃地三鲜的话我们很难做朋友哦)

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 楼主| 发表于 2019-6-29 11:25:37 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-6-29 11:09
你把单位搞清楚了,nm 和a gromacs的单位是什么

谢谢回答,我刚确认了一下。截断值单位是nm,我这里用的0.3nm依然出现类似报错,这是怎么回事呢?

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发表于 2019-7-1 08:36:28 | 显示全部楼层
你设置的这些参数包括盒子大小都是有文献依据的吗?就做能量最小化问啥设置这么多?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人(不爱吃地三鲜的话我们很难做朋友哦)

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发表于 2019-7-1 10:44:02 | 显示全部楼层
群里我已经回复了,根本就不需要设盒子,应当以非PBC来跑
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 楼主| 发表于 2019-7-8 21:25:27 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-1 10:44
群里我已经回复了,根本就不需要设盒子,应当以非PBC来跑

多谢老师一直帮助我
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