biogon 发表于 2019-7-26 18:45 谢谢老师 |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 16:02 参见下文 http://sobereva.com/164 |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 12:29 gv读取输出文件看优化的能量变化 |
biogon 发表于 2019-7-26 10:37 老师，不好意思，我是个初学者，请问怎么看输出文件震荡了没有，有没有什么关键词可以搜索？ 输出文件太大了，贴不上来。 |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 07:48 没收敛，读取输出文件看震荡了没有 |
sobereva 发表于 2019-7-19 23:43 请问sob老师，这个报错也是几何优化不收敛么？ 输入关键词： %mem=60GB %NProcShared=32 %Chk=2.chk #p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=(cartesian,recalc=4) 报错信息： 28 1 -0.000007269 0.000152617 -0.000223178 29 1 -0.000070192 -0.000082303 0.000031754 30 1 0.000323155 -0.000367282 -0.000057383 31 1 0.000036372 0.000237061 0.000276131 32 1 0.000211031 -0.000121508 -0.000096341 33 1 0.000012744 0.000072374 -0.000036752 34 1 0.000179986 0.000185068 -0.000344635 35 1 0.000009833 -0.000952091 -0.000298019 36 1 -0.000071034 0.000028985 0.000025331 37 1 -0.000093091 0.000217479 0.000202711 38 1 0.000688638 0.000521251 -0.000088947 39 1 0.000038865 0.000237340 0.000002898 40 8 -0.000863867 -0.001689847 -0.000062621 41 1 -0.000046921 0.001276661 0.000041355 42 1 0.000901849 0.000304697 -0.000021333 ------------------------------------------------------------------- Cartesian Forces: Max 0.019657649 RMS 0.003797397 Leave Link 716 at Thu Jul 25 23:02:26 2019, MaxMem= 8053063680 cpu: 2.8 elap: 0.1 (Enter /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe) ART, GLORY, FREEDOM FAIL, BUT NATURE STILL IS FAIR. -- BYRON Error termination request processed by link 9999. Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe at Thu Jul 25 23:02:28 2019. Job cpu time: 44 days 18 hours 24 minutes 39.2 seconds. Elapsed time: 1 days 14 hours 25 minutes 1.6 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 1855 Int= 0 D2E= 0 Chk= 44 Scr= 1 |
sobereva 发表于 2019-7-19 23:43 谢谢老师，我尝试一下！ |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-19 15:25 opt加上cartesian |
sobereva 发表于 2019-7-16 17:38 老师，我根据帖子改了输入文件： %mem=60GB %NProcShared=32 %Chk=2.chk #p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=recalc=5 Template file 【坐标】 --link1-- #p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=recalc=5 Template file 出现的报错 ------------------------------------------------------------------- Cartesian Forces: Max 0.080633548 RMS 0.013165452 FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4. GSVD: received Info= 1 from GESDD. Eigenvalue 120 is 2.40D-07 should be greater than 0.000001 Eigenvector: A74 D84 A76 A75 A42 1 -0.86946 -0.37695 -0.19537 0.19414 0.06820 A41 D81 A50 R25 A46 1 -0.05123 -0.04951 -0.03845 0.03648 0.03438 NTrRot= -1 NTRed= 222 NAtoms= 42 NSkip= 102 IsLin=F Error in internal coordinate system. Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l716.exe at Thu Jul 18 18:48:18 2019. Job cpu time: 31 days 17 hours 55 minutes 12.2 seconds. Elapsed time: 1 days 3 hours 15 minutes 34.9 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 1856 Int= 0 D2E= 0 Chk= 44 Scr= 1 请问老师，是我设置的opt关键词不对么？应该怎么设置呢？怎么解决这个报错呢？ |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-16 08:10 几何优化不收敛 Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html） |
sobereva 发表于 2019-7-15 20:21 谢谢sob老师，我看了帖子并且照例子算了一下“使用dimerscan结合Gaussian”，之前的步骤都没有问题，在算Gaussian的多步任务文件时出现了以下的报错： Electronic spatial extent (au): <R**2>= 7205.6769 Charge= -0.0000 electrons Dipole moment (field-independent basis, Debye): X= -7.2138 Y= 0.4801 Z= 0.6009 Tot= 7.2547 Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): XX= -120.5129 YY= -118.4036 ZZ= -127.5389 XY= 4.0561 XZ= 0.9233 YZ= -1.6994 Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): XX= 1.6389 YY= 3.7482 ZZ= -5.3871 XY= 4.0561 XZ= 0.9233 YZ= -1.6994 Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2): XXX= -70.4877 YYY= 19.9534 ZZZ= -4.3832 XYY= -16.9983 XXY= -17.1417 XXZ= 6.7649 XZZ= 6.6258 YZZ= -7.8113 YYZ= -2.0801 XYZ= 3.3408 Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3): XXXX= -6408.6617 YYYY= -1895.8864 ZZZZ= -607.7632 XXXY= -207.3547 XXXZ= -90.3373 YYYX= 45.0331 YYYZ= -30.7411 ZZZX= -21.2190 ZZZY= 6.1400 XXYY= -1493.2031 XXZZ= -1309.4636 YYZZ= -450.8397 XXYZ= 24.1917 YYXZ= -13.6384 ZZXY= -3.8564 N-N= 1.580624299968D+03 E-N=-5.692053442176D+03 KE= 1.075821994561D+03 THE LENGTH OF A MEETING IS PROPORTIONAL TO THE SQUARE OF THE PARTICIPANTS. Error termination request processed by link 9999. Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe at Tue Jul 16 03:20:47 2019. Job cpu time: 14 days 11 hours 5 minutes 21.2 seconds. Elapsed time: 0 days 12 hours 25 minutes 55.3 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 332 Int= 0 D2E= 0 Chk= 40 Scr= 1 输入文件是： %mem=60GB %NProcShared=32 %Chk=2.chk # B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian Template file 0 1 【坐标】 --link1-- # B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian Template file 0 1 【坐标】 …… …… 请问老师，这个报错应该如何处理？ |
Abandon-fmt 发表于 2019-7-15 09:58 这是加DFT-D3(BJ)色散校正，有益无害，但是对于M06-2X没法用 详见 谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html） DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 |
sobereva 发表于 2019-7-13 05:18 sob老师，根据dimerscan的做法得到了Gaussian.gjf，gjf中出现的em=GD3BJ这个关键词是普遍适用的么？是否需要根据不同体系做修改？ |
sobereva 发表于 2019-7-13 05:18 好的，谢谢老师，我学习一下 |
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