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[综合交流] 用CASSCF算得CI后,怎么得到这样的图?

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
看了Exploring-chemistry-with-electric-structure-methods 第二版第九章的Advanced Exercise 9.6,例子只算了交点,请问
1)下图的横坐标是代表不同的结构么?
2)在算完CI之后应该再做哪些步骤,才能得到这样的图?

1.png

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
那个例子具体我忘了,横坐标可能就是个抽象的几何变量,不对应哪个一个实际内坐标
如果能根据反应物和产物结构恰当定义这个坐标的话(可能表示为多个内坐标的线性组合),做个扫描就可以得到这样的图
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-10 19:46
那个例子具体我忘了,横坐标可能就是个抽象的几何变量,不对应哪个一个实际内坐标
如果能根据反应物和产物 ...

请问sob老师,我是算一个有机小分子与溶剂的氢键作用,可以用有机小分子作为反应物,与溶剂氢键结合作为生成物,来作为这个扫描的横坐标么?具体的扫描步骤有例子可以学习么?

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2019-7-10 20:16
请问sob老师,我是算一个有机小分子与溶剂的氢键作用,可以用有机小分子作为反应物,与溶剂氢键结合作为 ...

扫描问题在这里已经说得很全面透彻了,根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-10 20:40
扫描问题在这里已经说得很全面透彻了,根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http:/ ...

谢谢sob老师,我先学习一下!

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-10 20:40
扫描问题在这里已经说得很全面透彻了,根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http:/ ...

请问sob老师,想考察溶剂分子与目标分子之间的氢键对势能的影响,想用内坐标扫描,目标分子和水分子都用内坐标表示出来了,请问写什么关键词才能在内坐标下让水分子接近目标分子呢?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2019-7-12 17:05
请问sob老师,想考察溶剂分子与目标分子之间的氢键对势能的影响,想用内坐标扫描,目标分子和水分子都用 ...

如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了,扫描这个内坐标
如果没有,或者懒得找,用下文里dimerscan的做法
详谈使用Gaussian做势能面扫描
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-13 05:18
如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了,扫描这个内坐标
如果没有,或者懒得找,用下文里dimerscan的 ...

好的,谢谢老师,我学习一下

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 楼主| 发表于 前天 09:58 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-13 05:18
如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了,扫描这个内坐标
如果没有,或者懒得找,用下文里dimerscan的 ...

sob老师,根据dimerscan的做法得到了Gaussian.gjf,gjf中出现的em=GD3BJ这个关键词是普遍适用的么?是否需要根据不同体系做修改?

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发表于 前天 20:21 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2019-7-15 09:58
sob老师,根据dimerscan的做法得到了Gaussian.gjf,gjf中出现的em=GD3BJ这个关键词是普遍适用的么?是否 ...

这是加DFT-D3(BJ)色散校正,有益无害,但是对于M06-2X没法用
详见
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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 楼主| 发表于 昨天 08:10 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-15 20:21
这是加DFT-D3(BJ)色散校正,有益无害,但是对于M06-2X没法用
详见
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校 ...

谢谢sob老师,我看了帖子并且照例子算了一下“使用dimerscan结合Gaussian”,之前的步骤都没有问题,在算Gaussian的多步任务文件时出现了以下的报错:
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=           7205.6769
Charge=             -0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=             -7.2138    Y=              0.4801    Z=              0.6009  Tot=              7.2547
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=           -120.5129   YY=           -118.4036   ZZ=           -127.5389
   XY=              4.0561   XZ=              0.9233   YZ=             -1.6994
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=              1.6389   YY=              3.7482   ZZ=             -5.3871
   XY=              4.0561   XZ=              0.9233   YZ=             -1.6994
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=            -70.4877  YYY=             19.9534  ZZZ=             -4.3832  XYY=            -16.9983
  XXY=            -17.1417  XXZ=              6.7649  XZZ=              6.6258  YZZ=             -7.8113
  YYZ=             -2.0801  XYZ=              3.3408
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=          -6408.6617 YYYY=          -1895.8864 ZZZZ=           -607.7632 XXXY=           -207.3547
XXXZ=            -90.3373 YYYX=             45.0331 YYYZ=            -30.7411 ZZZX=            -21.2190
ZZZY=              6.1400 XXYY=          -1493.2031 XXZZ=          -1309.4636 YYZZ=           -450.8397
XXYZ=             24.1917 YYXZ=            -13.6384 ZZXY=             -3.8564
N-N= 1.580624299968D+03 E-N=-5.692053442176D+03  KE= 1.075821994561D+03


THE LENGTH OF A MEETING IS PROPORTIONAL TO THE
SQUARE OF THE PARTICIPANTS.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe at Tue Jul 16 03:20:47 2019.
Job cpu time:      14 days 11 hours  5 minutes 21.2 seconds.
Elapsed time:       0 days 12 hours 25 minutes 55.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    332 Int=      0 D2E=      0 Chk=     40 Scr=      1

输入文件是:
%mem=60GB
%NProcShared=32
%Chk=2.chk
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian

Template file

0 1
【坐标】

--link1--
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian

Template file

0 1
【坐标】
……
……

请问老师,这个报错应该如何处理?

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发表于 昨天 17:38 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2019-7-16 08:10
谢谢sob老师,我看了帖子并且照例子算了一下“使用dimerscan结合Gaussian”,之前的步骤都没有问题,在算 ...

几何优化不收敛
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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