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在小基组下找到正确的过渡态,换大基组就优化到其他结构上了

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发布时间: 2019-7-30 04:34

正文摘要:

Sob 老师您好,   我在PM6方法下找到了想要的过渡态(经过同水平IRC验证),我使用这个做初始结构,使用m06-2x/6-31g(d,p)却优化到其他结构了。我试着用小基组(3-21G*)优化后(可以成功)再用6-31g(d,p ...

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wr52139 发表于 Post on 2019-8-13 10:12:45
sobereva 发表于 2019-8-13 07:55
说不收敛的时候一定要说清楚什么不收敛,SCF还是几何优化

6-311G**下优化,再用def2-TZVP算单点能就行 ...

谢谢老师,不好意思,是几何优化不收敛,下次会注意,感谢提醒!
sobereva 发表于 Post on 2019-8-13 07:56:00
wr52139 发表于 2019-8-13 06:23
不好意思,还有一个问题,当这个分子被Cl取代后,会生成氯代产物[Reactant-Cl]+, 也就是阳离子,是不是我在 ...

sobereva 发表于 Post on 2019-8-13 07:55:41
wr52139 发表于 2019-8-13 05:54
Sob 老师好! 我在优化过渡态的时候,在6-311G**条件下成功找到过渡态,但是在此基础上加了弥散用6-311+G** ...

说不收敛的时候一定要说清楚什么不收敛,SCF还是几何优化

6-311G**下优化,再用def2-TZVP算单点能就行了。博文里强调了一般情况别给氢加弥散函数:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

虽然加弥散对算势垒有益,但对于def2-TZVP算势垒而言,加不加弥散没多大影响。

没有阴离子的情况优化的时候没必要加弥散函数(前提是基组是不低于3-zeta档次)
wr52139 发表于 Post on 2019-8-13 06:23:25
本帖最后由 wr52139 于 2019-8-13 07:32 编辑

不好意思,还有一个问题,当这个分子被Cl取代后,会生成氯代产物[Reactant-Cl]+, 也就是阳离子,是不是我在优化这个阳离子的时候是不是6-311G**就够了?看您在文中专门批判过,优化阳离子分子时候不需要加弥散。 这个污染物是1,3-diphenylguanidine, 在和次氯酸HOCl反应过程中,Cl加在N上,OH-离开。
sobereva 发表于 Post on 2019-8-10 08:16:27
xxzj 发表于 2019-8-9 21:06
老师,您好,我有一个问题不太理解,就是6-31G**基组与6-31G*基组的区别是对氢等轻原子也添加了极化基函 ...

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
xxzj 发表于 Post on 2019-8-9 21:06:29
sobereva 发表于 2019-7-30 08:04
PM6哪怕对于其相对擅长的有机体系,找到的过渡态都有一定几率不是真正的过渡态结构。显然不能拿它说事。
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老师,您好,我有一个问题不太理解,就是6-31G**基组与6-31G*基组的区别是对氢等轻原子也添加了极化基函数,那么什么情况下才能知道自己体系适合哪个基组呢?
sobereva 发表于 Post on 2019-7-30 08:04:40
PM6哪怕对于其相对擅长的有机体系,找到的过渡态都有一定几率不是真正的过渡态结构。显然不能拿它说事。
3-21G*质量比6-31G**低十万八千里,连第二周期都不带极化函数,定性正确都不能保证,3-21G*下找得到什么也说明不了。
就算试着找过渡态,起码也得6-31G*(为了在初步测试时节约时间,碳的极化可以省)。

半经验里面PM6已经算几乎最好的了,尝试其它半经验也是白搭,非要图快就用xtb,比半经验强不是一星半点,仔细看:
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

wr52139 发表于 Post on 2019-7-30 06:15:17
量化小菜鸡 发表于 2019-7-30 05:12
这是很正常的,那个不叫小机组。PM6半经验场有很多参数,整体并不是那么准确。他的准确性取决于设计时参考 ...

感谢您的回复,我使用3-21G*主要因为正常的6-31G(d,p)优化不到理想的结构,本来想步步为营逐渐升高基组,但还是不行。我在想使用半经验得到的初猜是不是应该比自己的直觉准一些呢?因为毕竟其他那些键长键角凭直觉容易不合理。
量化小菜鸡 发表于 Post on 2019-7-30 05:12:49
这是很正常的,那个不叫小机组。PM6半经验场有很多参数,整体并不是那么准确。他的准确性取决于设计时参考的体系。比如PM6没记错的话色散和氢键都不行。

3-21G*这个基组我几乎没看见过人用。

你试着凭感觉直接找TS,另外用其他半经验场试试。

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