puzhongji 发表于 2019-10-24 10:20
molUP

我在window里试着安装了下这个插件，提示安装成功了。但是，重新打开vmd并没有看见相应的选项卡，不知道是为什么。

molUP

sobereva 发表于 2019-9-25 03:31
有啊

扔到下面的网址里

谢谢sob老师 真是起了怪了

wuzhiyi 发表于 2019-9-25 00:11
谢谢sob大神！想问一下可以提供一下文章的网页链接么？

我在JCIM2019 59卷好像没看的3389−3399页

有啊

扔到下面的网址里
http://chemsearch.kovsky.net/

谢谢sob大神！想问一下可以提供一下文章的网页链接么？

我在JCIM2019 59卷好像没看的3389−3399页

谢谢sob大神！Gaussian的oniom在补参数的时候就是有些麻烦，而且有时候会有错误：
(1) Gaussian会参考AMBER96力场对原子类型进行指认，但是这个指认有时候都会出现错误。
(2) 一般也是缺参数补参数，96力场和gaff力场原则上可以通用（gaff力场其实和99力场更通用，这两套都是同一个课题组开发的）。但是Gaussian缺二面角参数时从来不报错，这就有点麻烦了。
(3) 当然最后我们还得重新拟合电荷参数，不过这是常规步骤。只是具体分子大了之后还得一个一个写进去，还得需要写一些脚本。
所以我觉得Gaussian基于ONIOM的QM/MM还是有很大的问题。
其实最好的做法是基于AMBER的leap组建来产生top文件，Gaussian可以读这个top文件获取力场参数，这样就省去很多烦恼和不必要的错误。如果有人愿意做这么个事情也算是造福学术界了。

谢谢老师 推荐，SI 给出了GJF 确实很不错，一般都是画一个结构~

谢谢sob老师推荐。