fhh2626 发表于 2019-9-3 14:28 谢谢大神解答，实验室做的确实很基础，感觉分子模拟的入门太难了。  |
|
1. 一般都是用VMD读入轨迹文件来算，不过一般都是算大分子的RMSD，算药物分子的RMSD没看出来有什么物理意义 2. 是的，不能 3. M$的MD基本就是个玩具，要想做模拟的话还是要学习一下专业的软件，比如Gromacs, NAMD, Amber，1块2000元级别的GPU基本上就可以有可观（1天50+ns）的效率了 |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 3 | 牛！ |
liuyuje714 发表于 2019-9-3 11:53 在我们实验室那个电脑上做5 ns做四个动力学都得一个月 。做10 ns就2个月了。请问这个软件能算RMSD么，还是直接线性拟合就可以了？？ |
| 哇，才5 ns。你就没参考别人是怎么做的吗？参考文献中一般如何做。计算msd一般选取线性部分拟合得到自扩散系数。 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 1 | 谢谢 |
| 求大神帮助一下，对这方面真是知识浅薄啊。哭了 |
| 感觉做到完全平衡没什么意义啊。 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-19 05:12 , Processed in 0.175966 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites