求助Material Studio 中计算药物在聚合物中RMSD的方法。

药物分子 · 发表于 Post on 2019-9-3 09:52:01

文章修回后，审稿人认为本人的分子动力学运行时间比较短，不能达到平衡状态，希望我用一些参数（RMSD）证明已经达到平衡状态。然后再计算扩散系数。
1. 请问如何计算呢？找了各种模块都没发现这个参数啊。
2. 本人用软件得到的MSD值计算了扩散系数，这个扩散系数必须在平衡状态下才有意义么？？初始200ps的MSD值结果能不能代表分子运动受到聚合物的影响呢？
3. 做到了5ns，计算机运行很慢，如何提高计算速度呢？

药物分子 · 发表于 Post on 2019-9-3 09:54:31

感觉做到完全平衡没什么意义啊。

药物分子 · 发表于 Post on 2019-9-3 09:55:14

求大神帮助一下，对这方面真是知识浅薄啊。哭了

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-9-3 11:53:36

哇，才5 ns。你就没参考别人是怎么做的吗？参考文献中一般如何做。计算msd一般选取线性部分拟合得到自扩散系数。

药物分子 · 发表于 Post on 2019-9-3 14:16:12

liuyuje714 发表于 2019-9-3 11:53
哇，才5 ns。你就没参考别人是怎么做的吗？参考文献中一般如何做。计算msd一般选取线性部分拟合得到自扩散 ...

在我们实验室那个电脑上做5 ns做四个动力学都得一个月

。做10 ns就2个月了。请问这个软件能算RMSD么，还是直接线性拟合就可以了？？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-9-3 14:28:20

1. 一般都是用VMD读入轨迹文件来算，不过一般都是算大分子的RMSD，算药物分子的RMSD没看出来有什么物理意义
2. 是的，不能
3. M$的MD基本就是个玩具，要想做模拟的话还是要学习一下专业的软件，比如Gromacs, NAMD, Amber，1块2000元级别的GPU基本上就可以有可观（1天50+ns）的效率了

药物分子 · 发表于 Post on 2019-9-3 14:51:44

fhh2626 发表于 2019-9-3 14:28
1. 一般都是用VMD读入轨迹文件来算，不过一般都是算大分子的RMSD，算药物分子的RMSD没看出来有什么物理意义 ...

谢谢大神解答，实验室做的确实很基础，感觉分子模拟的入门太难了。

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