lts！ 发表于 2025-9-6 13:43 对，原理上你得把这四个二面角项都去掉，一起拟合。 |
lts！ 发表于 2025-9-6 10:35 我感觉这里主要是库伦和范德华作用的计算方式、截断半径。 |
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53 老师，有个问题啊，这在二面角扫描时，对于4-3-12-14的这二面角转动的同时，4-3-12-13也在跟着一起转呀，这得到的曲线包含了两个二面角的信息吗 |
snljty2 发表于 2025-9-5 22:22 嗷嗷好的谢谢！，那rerun会读取mdp哪些信息呢？ |
lts！ 发表于 2025-9-5 17:30 用了-rerun xxx.trr后不会去用.mdp里面的步数信息，只会按照提供的轨迹，重新计算轨迹每一帧的能量。 |
sobereva 发表于 2019-9-28 03:26 老师，我不是很明白这个原理，这个mdp文件会给每个帧都跑200ps，跑出来的能量不是个固定的值呀，如何理解呢 |
lts！ 发表于 2025-9-5 17:13 这个在老师您另一个回复的贴子里找到答案啦！http://bbs.keinsci.com/thread-32905-1-1.html |
sobereva 发表于 2019-9-28 03:26 老师，如何将gaussian扫描得到的后每一帧结构一起保存为一个多帧的pdb文件呀，我用gview保存的时候报错了 
|
sobereva 发表于 2024-3-5 02:14 感谢sob老师 |
tytzqtian123 发表于 2024-3-4 17:08 势能面扫描和算RESP电荷没有直接关系 Gaussian里的势能面扫描不牵扯原子电荷的事；如果是分子力学程序里做扫描，实际做模拟时候用什么原子电荷，扫描所有二面角的时候原子电荷就用什么 |
sobereva 发表于 2023-1-2 06:23 请问一下，对同一个物质中的两个二面角分别进行势能面扫描，在第一个体系完成后的.fch文件生成的resp电荷可以用在第二个势能面扫描结果的力场中拟合吗？如果第二个势能面也需要求resp电荷的话，那写入力场文件中的电荷项怎么处理？ |
社会主义小战士 发表于 2023-1-1 15:31 量化计算不是只能做一维扫描，多少维都能做，仔细看下文 详谈使用Gaussian做势能面扫描 http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html） 如果两个二面角彼此之间不需要明确地考虑耦合，就构建两个模型体系（也可能一个就够），分别拟合两个二面角参数。 有的二面角之间的耦合可能特别重要、不容忽视，可能需要专门给予耦合项，比如AMBER19SB为了更好地描述蛋白质骨架的phi和psi二面角的耦合，特意对二者做二维扫描并拟合cmap，具体看力场原文。 |
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53 社长好，如果涉及到一个分子内部有多个二面角需要拟合，怎么办呢？QC是对每个二面角单独进行扫描，MM在去除二面角项时，其他待拟合二面角怎么处理呢？ |
sobereva 发表于 2021-2-28 20:11 谢谢老师的回复 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-18 10:00 , Processed in 0.206261 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites