求助！跑完nvt后，阳离子为什么聚集在一起了

查看数: 10589 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

sjl

发布时间: 2019-9-30 09:02

各位老师同学们好：在gromacs中跑完nvt后。水溶液中出现了钠离子聚集在一起的现象，如图的左边，这是为什么呢？是否与非键参数（采用amber中的非键参数）的设置有关系 ...

回复 Reply

yuclark 发表于 Post on 2019-10-11 13:35:21

sjl 发表于 2019-10-9 18:39
我用的clayff力场，可以参考这篇文献：Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases a ...

好的，多谢！

sjl 发表于 Post on 2019-10-10 10:39:17

sobereva 发表于 2019-10-10 09:14
amber力场的离子参数有的不太合理，浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场

好的，谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2019-10-10 09:14:40

sjl 发表于 2019-10-9 18:37
sob老师您好：
top文件中电荷设置正确，那一团中的确存在阴离子（氯离子）、可是为什么会出现盐的 ...

amber力场的离子参数有的不太合理，浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场

sjl 发表于 Post on 2019-10-9 18:39:10

yuclark 发表于 2019-9-30 21:21
请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的（若果是能否发一下网址），谢谢！

我用的clayff力场，可以参考这篇文献：Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field

sjl 发表于 Post on 2019-10-9 18:37:40

sobereva 发表于 2019-10-1 02:43
1 仔细检查拓扑文件内容，看看电荷设置。钠离子都带正电荷，正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起（除非 ...

sob老师您好：
top文件中电荷设置正确，那一团中的确存在阴离子（氯离子）、可是为什么会出现盐的结晶呢？（我算过，并未超过其溶解度）

sobereva 发表于 Post on 2019-10-1 02:43:29

1 仔细检查拓扑文件内容，看看电荷设置。钠离子都带正电荷，正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起（除非那一团里面还有阴离子，相当于出现了盐的结晶）

2 一个

yuclark 发表于 Post on 2019-9-30 21:21:38

请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的（若果是能否发一下网址），谢谢！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register