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[GROMACS] 求助!跑完nvt后,阳离子为什么聚集在一起了

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发表于 2019-9-30 09:02:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师同学们好:

          在gromacs中跑完nvt后。水溶液中出现了钠离子聚集在一起的现象,如图的左边,这是为什么呢?是否与非键参数(采用amber中的非键参数)的设置有关系?

          另外,我想分析沸石(图中间部分)与其孔道内离子的相互作用能,那是应该分析孔道内全部离子与骨架的相互作用能,还是分析孔道内一个离子与骨架的相互作用能呢?我只是想通过这个判断沸石骨架与不同阳离子结合能力的强弱。

          希望哪位大神能够帮忙解答一下,谢谢!

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发表于 2019-9-30 21:21:38 | 显示全部楼层
请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的(若果是能否发一下网址),谢谢!

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发表于 2019-10-1 02:43:29 | 显示全部楼层
1 仔细检查拓扑文件内容,看看电荷设置。钠离子都带正电荷,正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起(除非那一团里面还有阴离子,相当于出现了盐的结晶)

2 一个
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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-1 02:43
1 仔细检查拓扑文件内容,看看电荷设置。钠离子都带正电荷,正常情况下靠静电互斥绝对不可能堆在一起(除非 ...

sob老师您好:
      top文件中电荷设置正确,那一团中的确存在阴离子(氯离子)、可是为什么会出现盐的结晶呢?(我算过,并未超过其溶解度)

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
yuclark 发表于 2019-9-30 21:21
请问沸石的力场参数您是自己写的还是从相关网站上下载的(若果是能否发一下网址),谢谢!

我用的clayff力场,可以参考这篇文献:Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sjl 发表于 2019-10-9 18:37
sob老师您好:
      top文件中电荷设置正确,那一团中的确存在阴离子(氯离子)、可是为什么会出现盐的 ...

amber力场的离子参数有的不太合理,浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-10 09:14
amber力场的离子参数有的不太合理,浓度高的时候容易产生虚假的结晶现象。可以降低浓度或者尝试别的力场

好的,谢谢sob老师!

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
sjl 发表于 2019-10-9 18:39
我用的clayff力场,可以参考这篇文献:Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases a ...

好的,多谢!
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