Abandon-fmt 发表于 2019-10-14 19:35
请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？

道歉，捂脸走……
看帖不仔细，浮躁了

Abandon-fmt 发表于 2019-10-14 19:35
请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？

相关知识仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）
里面都充分体现了

Jasminer 发表于 2019-10-14 13:23
固定键角也好，扫描二面角也好，直接modredundant，最后加上F或S即可，gauss会自动加上相应的内坐标，详见 ...

请问老师，我做的是刚性扫描，是不是不需要加opt？不加opt的话，可以直接写modredundant么？

--deleted--

Abandon-fmt 发表于 2019-10-12 11:06
请问老师，怎么样在扫描4-1-2-3二面角的同时，固定住18-2-3这个键角，我没有在内坐标gjf文件中找到这个键 ...

和前面一回事。

liyuanhe211 发表于 2019-10-8 23:58
调整坐标的顺序使你的二面角是其中一个即可。例如，我构建了如下分子，构建完的原子顺序是这样的。

太感谢了！很有用！

调整坐标的顺序使你的二面角是其中一个即可。例如，我构建了如下分子，构建完的原子顺序是这样的。

此时要扫描上面这个奇怪的分子里的 Cl-N-B-Si 二面角，内坐标里肯定是没有的。

1. 
   
2. 0 1
   
3. C              
   
4. C                  1            B1
   
5. C                  2            B2    1            A1
   
6. H                  1            B3    2            A2    3            D1    0
   
7. H                  2            B4    1            A3    3            D2    0
   
8. H                  3            B5    2            A4    1            D3    0
   
9. B                  1            B6    2            A5    3            D4    0
   
10. H                  7            B7    1            A6    2            D5    0
    
11. N                  7            B8    1            A7    2            D6    0
    
12. H                  9            B9    7            A8    1            D7    0
    
13. Si                 1           B10    2            A9    3            D8    0
    
14. Cl                11           B11    1           A10    2            D9    0

复制代码

此时将其调整为Cartesian形式的坐标

1. 
   
2. 0 1
   
3. C                 -0.29843444   -0.36203522    0.00000000
   
4. C                  1.09672556   -0.36203522    0.00000000
   
5. C                  1.79426356    0.84571578    0.00000000
   
6. H                 -0.84819344   -1.31435222    0.00045000
   
7. H                  1.64623356   -1.31454822    0.00131500
   
8. H                  2.89394356    0.84579578    0.00063400
   
9. B                 -0.29821544    2.05414678   -0.00167800
   
10. H                 -0.88803172    3.07616204   -0.00292578
    
11. N                  1.09660956    2.05422478   -0.00119900
    
12. H                  1.59660674    2.92025166   -0.00171478
    
13. Si                -0.99581644    0.84594078   -0.00068200
    
14. Cl                -3.15581636    0.84567652   -0.00018758

复制代码

并按照二面角定义的顺序，将你想要的四个原子分别放成第4、1、2、3号原子，此处我想扫描的是 Cl-N-B-Si 二面角，所以将笛卡尔坐标调整成如下的顺序：

1. 
   
2. 0 1
   
3. N                  1.09660956    2.05422478   -0.00119900
   
4. B                 -0.29821544    2.05414678   -0.00167800
   
5. Si                -0.99581644    0.84594078   -0.00068200
   
6. Cl                -3.15581636    0.84567652   -0.00018758
   
7. C                 -0.29843444   -0.36203522    0.00000000
   
8. C                  1.09672556   -0.36203522    0.00000000
   
9. C                  1.79426356    0.84571578    0.00000000
   
10. H                 -0.84819344   -1.31435222    0.00045000
    
11. H                  1.64623356   -1.31454822    0.00131500
    
12. H                  2.89394356    0.84579578    0.00063400
    
13. H                 -0.88803172    3.07616204   -0.00292578
    
14. H                  1.59660674    2.92025166   -0.00171478

复制代码

保存为gjf文件，并用GaussView打开，就会发现 Cl-N-B-Si 分别是 4、1、2、3 号原子，且D1肯定是这四个原子组成的：

1. 0 1
   
2. N              
   
3. B                  1            B1
   
4. Si                 2            B2    1            A1
   
5. Cl                 3            B3    2            A2    1            D1    0
   
6. C                  3            B4    2            A3    1            D2    0
   
7. C                  5            B5    3            A4    2            D3    0
   
8. C                  6            B6    5            A5    3            D4    0
   
9. H                  5            B7    3            A6    2            D5    0
   
10. H                  6            B8    5            A7    3            D6    0
    
11. H                  7            B9    6            A8    5            D7    0
    
12. H                  2           B10    1            A9    7            D8    0
    
13. H                  1           B11    2           A10    3            D9    0
    
14. 
    
15. ...
    
16.    D1           179.96213750
    
17. ...
    
18. 
    
19. 
    

复制代码

但此时因为GaussView自动按距离判断成键的原因，D1是Cl-Si-B-N，不是想要的 Cl-N-B-Si。所以在Atom List里做相应修改：

只需把Cl的二面角NA项改为1，D1的定义就自动变成了Cl-Si-B-N:

再保存成内坐标，扫描D1即可

1. 
   
2. 0 1
   
3. N              
   
4. B                  1            B1
   
5. Si                 2            B2    1            A1
   
6. Cl                 1            B3    2            A2    3            D1    0
   
7. C                  3            B4    2            A3    1            D2    0
   
8. C                  5            B5    3            A4    2            D3    0
   
9. C                  6            B6    5            A5    3            D4    0
   
10. H                  5            B7    3            A6    2            D5    0
    
11. H                  6            B8    5            A7    3            D6    0
    
12. H                  7            B9    6            A8    5            D7    0
    
13. H                  2           B10    1            A9    7            D8    0
    
14. H                  1           B11    2           A10    3            D9    0
    
15. 
    
16.   ...
    
17.    D1            -0.05861070
    
18.   ...
    

复制代码

检查发现定义确实正确：

这个方法对刚性扫描多个变量的时候也有用，只不过要利用这个特性调整多个原子的顺序、并在Atom List中做相应调整。
不手动调整原子顺序、直接在atom-list里调其实经常也可以，但有些奇奇怪怪的问题没搞明白，还是直接手动调编号到前几个之后简单。