flwboka 发表于 2019-10-11 11:04
如果是想算表面的凸起结构的话，建立的应该是平板表面模型。可以在在MS里先切个面，超胞一下，然后加足够的 ...

明白了谢谢你！

阳光下的尘 发表于 2019-10-10 16:18
谢谢提醒。因为我想模拟纳米级的材料表面的凸起（这种凸起在微观上也是纳米尺寸的），因为涉及的材料是石 ...

你表达不清楚。不是超胞的形状不规则，而是指你要模拟的表面不规则

如果是想算表面的凸起结构的话，建立的应该是平板表面模型。可以在在MS里先切个面，超胞一下，然后加足够的真空层，删除突起周围的原子，保留底层的原子和凸起结构部分的原子就可以了

liyuanhe211 发表于 2019-10-10 02:55
有现成功能的软件不清楚，但实现起来很简单，构建4*4*4的超胞之后用Excel或者其他任何程序语言写个东西只保 ...

好的！谢谢朋友！

sobereva 发表于 2019-10-10 09:20
先弄成4*4超胞，然后结构载入VMD，用"A" or "B"选择语句将之保存成新结构，其中A选择下面的板， B选择中间 ...

感谢卢老师！
我试一试！！

granvia 发表于 2019-10-10 10:32
超胞必须是平行六面体形状的。不规则形状必然破坏晶体的平移对称性，是不可能的

谢谢提醒。因为我想模拟纳米级的材料表面的凸起（这种凸起在微观上也是纳米尺寸的），因为涉及的材料是石英管，所以想着先从SiO2晶体结构开始构建。所以就想到了这个模型

超胞必须是平行六面体形状的。不规则形状必然破坏晶体的平移对称性，是不可能的

先弄成4*4超胞，然后结构载入VMD，用"A" or "B"选择语句将之保存成新结构，其中A选择下面的板， B选择中间的那个柱子

参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

有现成功能的软件不清楚，但实现起来很简单，构建4*4*4的超胞之后用Excel或者其他任何程序语言写个东西只保留相应的原子就可以了（判断条件如OR(And(X在某范围、Y在某范围、Z在某范围),And(X在另一范围、Y在另一范围、Z在另一范围))，每个And代表一个长方体，你的两个就够了）。