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[综合交流] 如何构建不规则形状的超胞?

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师好!
      我想构建一个下面图片显示的这种中间有一个突起的超胞模型。
      用Materials Studio或者Vesta好像只能将单胞扩展为x*y*z这种规则立方体的样子,想请问能不能通过某种方法构建出那种样子的不规则超胞呢?
      谢谢老师!!
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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
有现成功能的软件不清楚,但实现起来很简单,构建4*4*4的超胞之后用Excel或者其他任何程序语言写个东西只保留相应的原子就可以了(判断条件如OR(And(X在某范围、Y在某范围、Z在某范围),And(X在另一范围、Y在另一范围、Z在另一范围)),每个And代表一个长方体,你的两个就够了)。

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
先弄成4*4超胞,然后结构载入VMD,用"A" or "B"选择语句将之保存成新结构,其中A选择下面的板, B选择中间的那个柱子

参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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发表于 4 天前 来自手机 | 显示全部楼层
超胞必须是平行六面体形状的。不规则形状必然破坏晶体的平移对称性,是不可能的

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卡开发发 + 2 我很赞同,他这只是简单平移有限的几个结构.

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
granvia 发表于 2019-10-10 10:32
超胞必须是平行六面体形状的。不规则形状必然破坏晶体的平移对称性,是不可能的

谢谢提醒。因为我想模拟纳米级的材料表面的凸起(这种凸起在微观上也是纳米尺寸的),因为涉及的材料是石英管,所以想着先从SiO2晶体结构开始构建。所以就想到了这个模型

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-10 09:20
先弄成4*4超胞,然后结构载入VMD,用"A" or "B"选择语句将之保存成新结构,其中A选择下面的板, B选择中间 ...

感谢卢老师!
我试一试!!

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2019-10-10 02:55
有现成功能的软件不清楚,但实现起来很简单,构建4*4*4的超胞之后用Excel或者其他任何程序语言写个东西只保 ...

好的!谢谢朋友!

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 flwboka 于 2019-10-11 11:07 编辑

如果是想算表面的凸起结构的话,建立的应该是平板表面模型。可以在在MS里先切个面,超胞一下,然后加足够的真空层,删除突起周围的原子,保留底层的原子和凸起结构部分的原子就可以了

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发表于 3 天前 来自手机 | 显示全部楼层
阳光下的尘 发表于 2019-10-10 16:18
谢谢提醒。因为我想模拟纳米级的材料表面的凸起(这种凸起在微观上也是纳米尺寸的),因为涉及的材料是石 ...

你表达不清楚。不是超胞的形状不规则,而是指你要模拟的表面不规则

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
flwboka 发表于 2019-10-11 11:04
如果是想算表面的凸起结构的话,建立的应该是平板表面模型。可以在在MS里先切个面,超胞一下,然后加足够的 ...

明白了谢谢你!
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