sobereva 发表于 2019-10-30 05:46 社长，还是我的二十个凝胶分子，我想计算苯环和苯环之间的径向分布函数，我是这样计算的： 1.跑完30ns动力学后，截取了后15ns轨迹计算rdf. 2.定义二十个分子中所有苯环的原子为一个组Ben 3.用gmx_rdf 选择的时候选择两次Ben。最后得到的rdf图已上传。 请问社长，我这种操作得到rdf结果是否正确？ |
sobereva 发表于 2019-10-30 05:46 谢谢社长。 |
明园 发表于 2019-10-29 09:48 1 这里明确说了 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 2 显然不能用B3LYP，初级班里强调了该用什么级别算溶解自由能，复习讲义。上文也写明了 3 全都算不动。初级班里说了，就算其中便宜的也只能算三十多个原子（很烂的CBS-4M除外） 不需要 |
本帖最后由 明园 于 2019-10-29 17:13 编辑 sobereva 发表于 2019-10-29 07:37 社长，再次感谢您对我的帮助，看了您给的关键性三页教材后，还有一些问题，希望社长指点一下。 1.溶剂下的自由能=溶解的自由能+气相的自由能 （不知道理解的对不对？） 2.溶解的自由能用B3LYP/6-31G* scrf=(smd,solvent=n-hexadecane)的单点能减去B3LYP/6-31G*的单点能，得到溶解自由能 (这是在您之前的帖子中看到的，不知道现在还可以这样做吗？) 3.气相的自由能通过热力学组合方法得到，老师，我的分子有122个原子（前两周期原子），用热力学组合方法应该用哪个系列的呢？4.社长，我的一个分子中是同时存在羧酸和酰胺，请问如果我先算羧酸的PKa值，我需要把酰胺屏蔽吗？还是怎么做才只算羧酸的PKa值呢？ |
sobereva 发表于 2019-10-29 07:37 谢谢社长！ |
明园 发表于 2019-10-28 19:03 这是基础班的内容。pKa计算部分关键性的三页给你 
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社长，再次麻烦您，我想问一个和此主题无关的问题，我想用Gaussian09算这个小分子中的酰胺和羧基的Pka值，命令行应该怎么写呢？我参加过初级量子培训班，但是教材里好像没有关于Pka值的计算，还是我没有看仔细呢？麻烦社长指点一下。 |
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好的，谢谢社长。 |
明园 发表于 2019-10-24 09:44 可以 |
本帖最后由 明园 于 2019-10-24 10:07 编辑 ulosggs 发表于 2019-10-21 18:19 您好，我想再问一下，如果我要屏蔽凝胶分子间所有的氢键的作用，仅仅保留凝胶分子间的pipi堆积，以下操作是否合适： 1.定义所有生成氢键的原子(COOH，CONH)为一个组 2.energygrps = Hbond energygrp-excl = Hbond Hbond |
ulosggs 发表于 2019-10-21 18:19 谢谢您，十分感谢。 |
naoki 发表于 2019-10-21 17:46 好的，谢谢你，也谢谢社长。 |
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GROMACS 可以定义 energy groups 并关闭 energy groups 之间的相互作用。 energygrps = Ben energygrp-excl = Ben Ben 至于能否正确描述 Pi-Pi 相互作用，取决于力场模型和参数是怎么优化得到的。 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci900009f 我记得有文章通过在苯环上下添加虚拟位点专门针对pi-pi堆积优化力场。 |
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