求助能否屏蔽体系中的相互作用？

明园 · 发表于 Post on 2019-10-21 17:09:57

本帖最后由明园于 2019-11-17 15:49 编辑

社长，我的体系是二十个凝胶小分子，分子和分子之间存在pipi堆积以及氢键，我们认为对于维持稳定结构来说，pipi堆积的作用是远大于氢键的，所以我想看看在没有pipi堆积并且只有氢键的情况下，体系在跑完30ns后会呈现一个什么样的结构。（请问社长您认为有其他方法可以证明pipi堆积的作用大于氢键作用吗？）
请问社长，gromacs能够做到在跑动力学的过程中屏蔽掉pipi堆积，保留氢键吗？之前问了一些老师，有老师说是可以通过修改力场的方式来做到，您觉得这种方法可以吗？

社长，还有一个问题，请问pipi堆积和氢键的能量能够用gromacs得到吗？

naoki · 发表于 Post on 2019-10-21 17:46:58

你这个标题里的感叹号太浮夸了。。肯定会被社长diss

ulosggs · 发表于 Post on 2019-10-21 18:19:14

GROMACS 可以定义 energy groups 并关闭 energy groups 之间的相互作用。
energygrps = Ben
energygrp-excl = Ben Ben

至于能否正确描述 Pi-Pi 相互作用，取决于力场模型和参数是怎么优化得到的。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci900009f
我记得有文章通过在苯环上下添加虚拟位点专门针对pi-pi堆积优化力场。

明园 · 发表于 Post on 2019-10-21 19:29:12

naoki 发表于 2019-10-21 17:46
你这个标题里的感叹号太浮夸了。。肯定会被社长diss

好的，谢谢你，也谢谢社长。

明园 · 发表于 Post on 2019-10-21 19:29:54

ulosggs 发表于 2019-10-21 18:19
GROMACS 可以定义 energy groups 并关闭 energy groups 之间的相互作用。
energygrps = Ben
energygrp-ex ...

谢谢您，十分感谢。

明园 · 发表于 Post on 2019-10-24 09:44:46

本帖最后由明园于 2019-10-24 10:07 编辑

ulosggs 发表于 2019-10-21 18:19
GROMACS 可以定义 energy groups 并关闭 energy groups 之间的相互作用。
energygrps = Ben
energygrp-ex ...

您好，我想再问一下，如果我要屏蔽凝胶分子间所有的氢键的作用，仅仅保留凝胶分子间的pipi堆积，以下操作是否合适：
1.定义所有生成氢键的原子(COOH，CONH)为一个组
2.energygrps = Hbond
energygrp-excl = Hbond Hbond

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-26 04:48:18

明园发表于 2019-10-24 09:44
您好，我想再问一下，如果我要屏蔽凝胶分子间所有的氢键的作用，仅仅保留凝胶分子间的pipi堆积，以下操作 ...

可以

明园 · 发表于 Post on 2019-10-28 09:14:42

sobereva 发表于 2019-10-26 04:48
可以

好的，谢谢社长。

明园 · 发表于 Post on 2019-10-28 19:03:36

sobereva 发表于 2019-10-26 04:48
可以

社长，再次麻烦您，我想问一个和此主题无关的问题，我想用Gaussian09算这个小分子中的酰胺和羧基的Pka值，命令行应该怎么写呢？我参加过初级量子培训班，但是教材里好像没有关于Pka值的计算，还是我没有看仔细呢？麻烦社长指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-29 07:37:12

明园发表于 2019-10-28 19:03
社长，再次麻烦您，我想问一个和此主题无关的问题，我想用Gaussian09算这个小分子中的酰胺和羧基的Pka值 ...

这是基础班的内容。pKa计算部分关键性的三页给你

明园 · 发表于 Post on 2019-10-29 08:39:43

sobereva 发表于 2019-10-29 07:37
这是基础班的内容。pKa计算部分关键性的三页给你

谢谢社长！

明园 · 发表于 Post on 2019-10-29 09:48:22

本帖最后由明园于 2019-10-29 17:13 编辑

sobereva 发表于 2019-10-29 07:37
这是基础班的内容。pKa计算部分关键性的三页给你

社长，再次感谢您对我的帮助，看了您给的关键性三页教材后，还有一些问题，希望社长指点一下。
1.溶剂下的自由能=溶解的自由能+气相的自由能（不知道理解的对不对？）
2.溶解的自由能用B3LYP/6-31G* scrf=(smd,solvent=n-hexadecane)的单点能减去B3LYP/6-31G*的单点能，得到溶解自由能 (这是在您之前的帖子中看到的，不知道现在还可以这样做吗？)
3.气相的自由能通过热力学组合方法得到，老师，我的分子有122个原子（前两周期原子），用热力学组合方法应该用哪个系列的呢？4.社长，我的一个分子中是同时存在羧酸和酰胺，请问如果我先算羧酸的PKa值，我需要把酰胺屏蔽吗？还是怎么做才只算羧酸的PKa值呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-30 05:46:04

明园发表于 2019-10-29 09:48
社长，再次感谢您对我的帮助，看了您给的关键性三页教材后，还有一些问题，希望社长指点一下。
1.溶剂下 ...

1 这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

2 显然不能用B3LYP，初级班里强调了该用什么级别算溶解自由能，复习讲义。上文也写明了

3 全都算不动。初级班里说了，就算其中便宜的也只能算三十多个原子（很烂的CBS-4M除外）

不需要

明园 · 发表于 Post on 2019-10-30 11:08:08

sobereva 发表于 2019-10-30 05:46
1 这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bb ...

谢谢社长。

明园 · 发表于 Post on 2019-11-17 15:48:10

sobereva 发表于 2019-10-30 05:46
1 这里明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bb ...

社长，还是我的二十个凝胶分子，我想计算苯环和苯环之间的径向分布函数，我是这样计算的：
1.跑完30ns动力学后，截取了后15ns轨迹计算rdf.
2.定义二十个分子中所有苯环的原子为一个组Ben
3.用gmx_rdf 选择的时候选择两次Ben。最后得到的rdf图已上传。
请问社长，我这种操作得到rdf结果是否正确？

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