昨夜星辰昨夜风 发表于 2019-11-12 12:00 可以锁一个二面角做构象搜索，不过你这个结构其实没几个低能构象，手画一下就行。不管怎么样，不能依靠程序生成啥就是啥，尤其是步子扯这么大的时候更容易产生根本就不合理的初猜。甚至跟这个二面角无关的，你上传的输出文件的糖就是个扭船式，确定是最稳定的合理的么？ 另外在高斯的语境下不要随便说“scan”这个词，scan在高斯语境下专指刚性扫描。 柔性扫描完了每个点的结构本来就是优化过的，不用保存了重新优化（做得对一定是只优化一步就结束），顶多保存了算个单点。 |
liyuanhe211 发表于 2019-11-12 10:52 谢谢李老师，但是我没懂您第一句话的意思，可以解释的详细一点吗？我应当怎么保证都是最小点？复述一遍我的做法及遇到的问题。第一种方法是：优化好的母体结构1,2,20,20之间的二面角为5°，在gaussview里每次增加60°，设置成65,125，-175，-115和-55°，使用opt=modredundant命令，坐标后空一行写 D 1 2 20 21 F，优化这五个二面角对应的结构。第二种方法是对母体进行柔性扫描，扫描设置如帖子正文图片所示，得到scan文件，将每个点保存下来，这时对应的二面角也在65,125，-175，-115和-55°，再去优化得到的每一个结构，采用了D 1 2 20 21 F。但我发现同样是65°或125°，这两种方法得到左侧的六元环只有二面角一致，其他结构都不一致，不知道哪里出来问题又或者哪个方法是正确的？文字有点多，谢谢老师 |
昨夜星辰昨夜风 发表于 2019-11-12 09:31 都优化到了极小点但初猜不一样，应当尽量确定曲线中的每个点都是加了几何限制条件下的最小点、而不是某个极小点。另外你的曲线明显点不够密。再另外我有点怀疑这种分析有多大意义。 |
sobereva 发表于 2019-11-12 02:20 谢谢sob老师回复。我做的是柔性扫描，也就是我说的第二种做法，扫描的变量是原子1,2,20,21的二面角。但是您在博文里说，柔性扫描相当于限制性优化。我的第一种做法（即冻结设置好的二面角）不也是限制性优化吗，两种方法为什么会有差异呢？另外，柔性扫描得到的每一步结构都是优化过后的吧，若利用得到的结构算单点能，也是不需要再次进行优化的是吗 |
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没有“scan coordinate命令”，要么刚性扫描，要么柔性扫描，应当说清楚 仔细看此文弄清楚刚性扫描、柔性扫描和限制性优化的关系，自然就明白了 详谈使用Gaussian做势能面扫描 http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html） |
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