lammps导出到vmd后分子选择问题?

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发布时间: 2019-11-20 14:33

大家好! 最近看到sob老师写的一个分层统计体系内氢键的vmd tcl脚本（http://sobereva.com/54），觉得非常有用就想尝试一下。我用lammps构建了一个纯水分子 ...

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Lacrimosa 发表于 Post on 2019-11-21 21:04:27

阳光下的尘发表于 2019-11-21 15:16
谢谢你！对分子的序号是连续的，请问这样记录分子信息的是什么格式呢？

pdb格式就可以

阳光下的尘 发表于 Post on 2019-11-21 15:16:41

Lacrimosa 发表于 2019-11-20 19:45
一般同一个水分子的原子id都是连续的吧，比如atom1、atom2、atom3都是水分子1，atom4、atom5、atom6都是水 ...

谢谢你！对分子的序号是连续的，请问这样记录分子信息的是什么格式呢？

Lacrimosa 发表于 Post on 2019-11-20 19:45:45

一般同一个水分子的原子id都是连续的吧，比如atom1、atom2、atom3都是水分子1，atom4、atom5、atom6都是水分子2...就这样直接从头到尾把id相邻的3个原子编为一个分子就好了

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