lammps导出到vmd后分子选择问题?

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2019-11-20 14:33:07

大家好!
   最近看到sob老师写的一个分层统计体系内氢键的vmd tcl脚本（http://sobereva.com/54），觉得非常有用就想尝试一下。
   我用lammps构建了一个纯水分子盒子，当以.xyz格式文件导入vmd后，发现vmd无法识别像脚本中提到的水的残基以及残基名，也就是说.xyz文件是不记录水的残基和残基名的。但这个残基和残基名很重要，就像脚本中写到的，利用残基选择就可以通过水分子中的一个原子来把整个水分子选择出来。
   我想到了三种途径，1，用lammps输出其他格式；2、不用残基和残基名去识别水分子；3、手动添加残基和残基名。
   上面这些只是想到的大致途径，还不知道怎么去实施。想请问大家有没有好的解决办法呢？
   脚本中需要用残基的地方，截图如下。
   谢谢大家！

Lacrimosa · 发表于 Post on 2019-11-20 19:45:45

一般同一个水分子的原子id都是连续的吧，比如atom1、atom2、atom3都是水分子1，atom4、atom5、atom6都是水分子2...就这样直接从头到尾把id相邻的3个原子编为一个分子就好了

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2019-11-21 15:16:41

Lacrimosa 发表于 2019-11-20 19:45
一般同一个水分子的原子id都是连续的吧，比如atom1、atom2、atom3都是水分子1，atom4、atom5、atom6都是水 ...

谢谢你！对分子的序号是连续的，请问这样记录分子信息的是什么格式呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2019-11-21 21:04:27

阳光下的尘发表于 2019-11-21 15:16
谢谢你！对分子的序号是连续的，请问这样记录分子信息的是什么格式呢？

pdb格式就可以

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