一个梨 发表于 2024-3-30 12:13
老师我按照你第一种方法拓扑，如图所示，它的内氢键应该怎么判断呢？如何寻找BCP点？它的键能可以用公式计 ...

让Multiwfn把键径生成出来，一看图就明白了

仔细看Multiwfn手册4.2.1节和下文，了解AIM拓扑分析的基本操作常识
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

老师我按照你第一种方法拓扑，如图所示，它的内氢键应该怎么判断呢？如何寻找BCP点？它的键能可以用公式计算吗？

C9999 发表于 2024-3-26 19:47
老师请问进入到这个页面后,在multiwfn里无法输入7进入考察临界点属性的选项，然后输入2，查看这个临界点的 ...

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老师请问进入到这个页面后,在multiwfn里无法输入7进入考察临界点属性的选项，然后输入2，查看这个临界点的各种性质

沙漠猎人 发表于 2023-7-17 17:43
请问老师，第一个AIM方法可以用来计算两个分子之间的氢键键能吗？

本来一开始就是对分子间计算提出来的，只不过也能用于分子内。很难理解怎么老有人以为这方法只能用于分子内
仔细看此文
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

请问老师，第一个AIM方法可以用来计算两个分子之间的氢键键能吗？

好的，我看看。

LIFzhou 发表于 2022-5-25 15:01
sob老师，我可以重复你提供的例子，但是我按照第一种方法计算另一个分子内氢键时，步骤也一样寻，但是找不 ...

把此文看了
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）
其中介绍的我的IRI原文里深入讨论了为什么很多内氢键用IRI、RDG能展现，而没有对应的BCP。这正体现出AIM拓扑分析的局限性

sob老师，我可以重复你提供的例子，但是我按照第一种方法计算另一个分子内氢键时，步骤也一样寻，但是找不到内氢键的CP，如图所示，是由于O和H离的太远没识别出来吗，还是其他的原因

openmail 发表于 2019-11-24 08:16
如果是带电荷的分子内氢键，比如例子中的醛基换成羧酸阴离子，可以用什么方法计算氢键键能？

基于BCP密度预测的做法依然可以用，但应该用JCC文中对于带电荷氢键拟合的公式
调整构象等方法也照样可以用

如果是带电荷的分子内氢键，比如例子中的醛基换成羧酸阴离子，可以用什么方法计算氢键键能？

habigale 发表于 2019-11-23 10:25
最近正在计算分子内的极性-pi的弱氢键键能和pi-pi堆叠能的比较，不知道有没有什么好的办法？我初步考虑是分 ...

这么求差如果做法得当可以
NBO对于讨论这个基本没用，尤其是拿来讨论pi-pi堆积更是完全属于伪科学。NBO轨道对苯环的六中心pi共轭特征的描述都是完全错误的（被当成Lewis结构看待），显然更不要指望E2能去分析多中心pi共轭涉及的弱相互作用了。

最近正在计算分子内的极性-pi的弱氢键键能和pi-pi堆叠能的比较，不知道有没有什么好的办法？我初步考虑是分别计算以极性-pi为主导的构象和以pi-pi堆叠能为主导的构象的能量差，然后通过NBO和NCI分析表现两种相互作用。