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计算分子内氢键键能的几种方法

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发布时间: 2019-11-23 00:08

正文摘要:

计算分子内氢键键能的几种方法Several methods for calculating energy of intramolecular hydrogen bonds 文/Sobereva@北京科音First release: 2019-Nov-23  Last update: 2022-May-26 0 前言 计 ...

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陈AG 发表于 Post on 5 day ago
sobereva 发表于 2025-8-8 15:13
如果你已有实验数据,可以做个相关性分析。如果没有实验数据而光用这个理论信息来预测的话,依据不十分充 ...

好,感谢sob大大
sobereva 发表于 Post on 5 day ago
陈AG 发表于 2025-8-8 09:01
老师不好意思,我没描述清楚,这三个分子是有机电致发光材料,我想算他们的绿色配位键的BDE,来对比他们 ...

如果你已有实验数据,可以做个相关性分析。如果没有实验数据而光用这个理论信息来预测的话,依据不十分充分,至少讨论的时候别把话说死了
陈AG 发表于 Post on 5 day ago
sobereva 发表于 2025-8-7 22:47
我不知道你想“算”什么。如果比如你对这三个体系用Multiwfn做AIM拓扑分析,通过对绿色这个键对应的BCP的 ...

老师不好意思,我没描述清楚,这三个分子是有机电致发光材料,我想算他们的绿色配位键的BDE,来对比他们在有机电致发光器件中的稳定性,但是我学习了http://bbs.keinsci.com/thread-600-3-1.html里面的讨论之后,感觉只算BDE的话,和他们在器件中的稳定性恐怕不会有良好的正相关关系。
sobereva 发表于 Post on 6 day ago
陈AG 发表于 2025-8-7 17:52
老师,对于绿色这根金属配位键,您说“LBO不适合用于含有第四周期及之后元素的成键”,那我可 ...

我不知道你想“算”什么。如果比如你对这三个体系用Multiwfn做AIM拓扑分析,通过对绿色这个键对应的BCP的性质对比键的强度差异,完全可以。
实际上如果是用于描述类似体系间同一个键的键强弱差异,LBO也可以用,并且也可以有挺好的相关性。近来一个同行他发现,不同配体(都是N配位)与Ru的LBO,与配体的Hammet sigma参数有很好的相关性。
陈AG 发表于 Post on 6 day ago
老师,对于绿色这根金属配位键,您说“LBO不适合用于含有第四周期及之后元素的成键”,那我可以按照这里氢键的计算方法去算这个配位键吗

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sobereva 发表于 Post on 2024-3-30 20:42:22
一个梨 发表于 2024-3-30 12:13
老师我按照你第一种方法拓扑,如图所示,它的内氢键应该怎么判断呢?如何寻找BCP点?它的键能可以用公式计 ...

让Multiwfn把键径生成出来,一看图就明白了

仔细看Multiwfn手册4.2.1节和下文,了解AIM拓扑分析的基本操作常识
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频演示)
http://sobereva.com/445http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html
一个梨 发表于 Post on 2024-3-30 12:13:54
老师我按照你第一种方法拓扑,如图所示,它的内氢键应该怎么判断呢?如何寻找BCP点?它的键能可以用公式计算吗?
sobereva 发表于 Post on 2024-3-26 22:18:35
C9999 发表于 2024-3-26 19:47
老师请问进入到这个页面后,在multiwfn里无法输入7进入考察临界点属性的选项,然后输入2,查看这个临界点的 ...

点右上角的Return关闭图形窗口再输入
C9999 发表于 Post on 2024-3-26 19:47:06
老师请问进入到这个页面后,在multiwfn里无法输入7进入考察临界点属性的选项,然后输入2,查看这个临界点的各种性质
sobereva 发表于 Post on 2023-7-17 18:45:02
沙漠猎人 发表于 2023-7-17 17:43
请问老师,第一个AIM方法可以用来计算两个分子之间的氢键键能吗?

本来一开始就是对分子间计算提出来的,只不过也能用于分子内。很难理解怎么老有人以为这方法只能用于分子内
仔细看此文
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
沙漠猎人 发表于 Post on 2023-7-17 17:43:41
请问老师,第一个AIM方法可以用来计算两个分子之间的氢键键能吗?
LIFzhou 发表于 Post on 2022-5-26 16:10:41
好的,我看看。
sobereva 发表于 Post on 2022-5-26 05:49:07
LIFzhou 发表于 2022-5-25 15:01
sob老师,我可以重复你提供的例子,但是我按照第一种方法计算另一个分子内氢键时,步骤也一样寻,但是找不 ...

把此文看了
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html
其中介绍的我的IRI原文里深入讨论了为什么很多内氢键用IRI、RDG能展现,而没有对应的BCP。这正体现出AIM拓扑分析的局限性
LIFzhou 发表于 Post on 2022-5-25 15:01:55
sob老师,我可以重复你提供的例子,但是我按照第一种方法计算另一个分子内氢键时,步骤也一样寻,但是找不到内氢键的CP,如图所示,是由于O和H离的太远没识别出来吗,还是其他的原因

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