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求助：用gromacs模拟计算药物分子成核速率遇到问题？

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dbw

发布时间: 2019-11-27 15:13

正文摘要:

看了有关分子动力学模拟成核速率文献的时候，有一种方法是Yasuoka-Matsumoto method，说斜率就是成核速率，我有如下问题：1.论文用的是the supersaturated solutions were constructed by quenching the saturated ...

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LWM 发表于 Post on 2023-10-31 10:24:42

bobosiji 发表于 2019-11-28 14:15
自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ...

你好，前辈，能重新发下链接么，自己最近也在做成核率的相关计算

sobereva 发表于 Post on 2019-12-1 02:47:26

dbw 发表于 2019-11-30 17:26
老师，今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程，一头雾水，感觉找不到地方下手，老师，您能给我点 ...

先把user guide自带的脚本看明白，举一反三
http://sobereva.com右侧VMD分类里也有不少我之前写的脚本可以参考

dbw 发表于 Post on 2019-11-30 17:26:59

sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

老师，今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程，一头雾水，感觉找不到地方下手，老师，您能给我点指导吗？谢谢您。

dbw 发表于 Post on 2019-11-29 10:48:09

sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2019-11-29 09:57:22

dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

自己写VMD的tcl脚本进行计算，要么就修改gmx clustsize的源代码

bobosiji 发表于 Post on 2019-11-28 14:15:57

dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ... ng_xtc_from_fortran
自己写程序直接读xtc文件作分析

dbw 发表于 Post on 2019-11-28 09:27:21

好的老师，非常感谢。我找一下作者的其他论文，那最后这个簇分析我该用什么方法呢？

sobereva 发表于 Post on 2019-11-27 23:47:14

1 是。时间问题看文中的说法，如果这篇没写，你再看作者其它文章有没有写
2 如果你的体系和他的类似，也用这个就可以。这个标准比碳的范德华半径大一些，有一定任意性
3 gmx clustsize只能给出总的簇的数目随时间变化（nclust.xvg），没法给出不同容量的簇的数目随时间变化

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