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[GROMACS] 求助:用gromacs模拟计算药物分子成核速率遇到问题?

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看了有关分子动力学模拟成核速率文献的时候,有一种方法是Yasuoka-Matsumoto method,说斜率就是成核速率, 我有如下问题:1.论文用的是the supersaturated solutions were constructed by quenching the saturated solutions at 353.15 and 373.15 K to the temperature of 273.15 K, respectively .淬火的方法得到过饱和度,我在成品模拟的时候是否利用退火命令?以及退火时间我怎样设置?
2. 文中a cluster was defined as an aggregate of molecules within a radius of 0.21 nm. 这个截断半径我该怎样取值呢?
3.考虑到分子不是蛋白质,我用gmx clustsize 命令分析,但是得出的数据结果我怎么用呢?怎么去分析呀?下图就是论文中得到成核速率的图,我分析了半天,就是看不懂,请各位老师指点一二,谢谢。




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发表于 Post on 2019-11-27 23:47:14 | 只看该作者 Only view this author
1 是。时间问题看文中的说法,如果这篇没写,你再看作者其它文章有没有写
2 如果你的体系和他的类似,也用这个就可以。这个标准比碳的范德华半径大一些,有一定任意性
3 gmx clustsize只能给出总的簇的数目随时间变化(nclust.xvg),没法给出不同容量的簇的数目随时间变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-28 09:27:21 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,非常感谢。我找一下作者的其他论文,那最后这个簇分析我该用什么方法呢?

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发表于 Post on 2019-11-28 14:15:57 | 只看该作者 Only view this author
dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师,非常感谢。我找一下作者的其他论文,那最后这个簇分析我该用什么方法呢?

自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ... ng_xtc_from_fortran
自己写程序直接读xtc文件作分析

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发表于 Post on 2019-11-29 09:57:22 | 只看该作者 Only view this author
dbw 发表于 2019-11-28 09:27
好的老师,非常感谢。我找一下作者的其他论文,那最后这个簇分析我该用什么方法呢?

自己写VMD的tcl脚本进行计算,要么就修改gmx clustsize的源代码
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 10:48:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算,要么就修改gmx clustsize的源代码

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 17:26:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 09:57
自己写VMD的tcl脚本进行计算,要么就修改gmx clustsize的源代码

老师,今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程,一头雾水,感觉找不到地方下手,老师,您能给我点指导吗?谢谢您。

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发表于 Post on 2019-12-1 02:47:26 | 只看该作者 Only view this author
dbw 发表于 2019-11-30 17:26
老师,今天我看了一些编写tcl脚本的资料以及vmd的教程,一头雾水,感觉找不到地方下手,老师,您能给我点 ...

先把user guide自带的脚本看明白,举一反三
http://sobereva.com右侧VMD分类里也有不少我之前写的脚本可以参考
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发表于 Post on 2023-10-31 10:24:42 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-11-28 14:15
自己写程序。参考
http://mu****g.com/t-2045494-1-authorid-748787
http://www.gromacs.org/documenta ...

你好,前辈,能重新发下链接么,自己最近也在做成核率的相关计算

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