a617788816 发表于 2020-1-18 23:40 那是6号H 微量负电没有什么新鲜的 |
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-19 15:32 编辑 sobereva 发表于 2019-12-22 00:44 乳酸 乳酸根 C -0.350218 -0.294750 H 0.104632 0.066188 H 0.104632 0.066188 H 0.104632 0.066188 C 0.439285 0.477640 H -0.009263 -0.058133 C 0.680496 0.727554 O -0.734034 -0.779284 H 0.445945 0.407201 O -0.676749 -0.839396 H 0.502963 O -0.612323 -0.839396 这是我用高斯优化后用Multiwfn计算的RESP电荷，对乳酸跟的羧基氧进行约束，乳酸未约束，但算出来的5号H是均是负电，这结果是否合理呢，还想请问，如何判断自己的等价约束是否造成大的影响，您文章里面提到用RRMSE，如何得到呢？ |
a617788816 发表于 2019-12-21 16:20 你不要求两个氧相等就不可能相等 这是Multiwfn算乙酸RESP电荷的输出 Center Charge 1(C ) 0.7031424159 2(O ) -0.5301413433 3(O ) -0.5744964241 4(C ) -0.3030529845 5(H ) 0.1067921901 6(H ) 0.1069509810 7(H ) 0.0866513851 8(H ) 0.4041537799 Sum of charges: 0.0000000000 RMSE: 0.001420 RRMSE: 0.096208 |
sobereva 发表于 2019-12-2 01:51 sob老师，我计算了乙酸根的RESP电荷没有问题，两个羧基O带电是相等的 但是当我计算乙酸分子的RESP电荷的时候，我发现计算出来的两个羧基O还是带电量相等，虽然与乙酸根有区别，羧基上面的两个O，接氢的时候，不是应该两个O带电量不同吗，这个如何解决 |
a617788816 发表于 2019-12-6 16:53 这是linux下的bash脚本，你在windows下怎么运行？（除非你用cygwin、cmder模拟bash环境之类的） |
本帖最后由 a617788816 于 2019-12-7 12:39 编辑 sobereva 发表于 2019-12-2 01:51 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html） 里面提到linux系统下给RESP.sh添加可执行权限是chmod +x ./RESP.sh 我用的是windows，这一步应该用什么命令，我写这个命令，是不存在，如何给windos下的该文件添加权限呢？ chmod +x ./RESP.sh cant be found, input again |
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用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了，参看 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html） |
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