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QM/MM模型计算激发态优化内存不足

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发布时间: 2020-1-5 20:24

正文摘要:

本帖最后由 吕安琪 于 2020-1-6 16:00 编辑 各位老师好: 我在用QM/MM模型计算激发态优化时,出现如下报错信息,请问应该如何解决(输入文件见附件)

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zj123_45 发表于 Post on 2020-10-18 15:09:16
wzkchem5 发表于 2020-10-18 14:38
另外,假如你优化的是T1,那么可以直接用UKS做opt freq,不一定要用TDDFT。如果UKS对于你的体系定性正确 ...

好的,我明白了,谢谢您!
wzkchem5 发表于 Post on 2020-10-18 14:38:41
zj123_45 发表于 2020-10-18 12:45
楼主你好,我也是出现了这个报错,不过我是opt+freq计算时出现的,分开算可以正常结束,但是我不知道分开计 ...

另外,假如你优化的是T1,那么可以直接用UKS做opt freq,不一定要用TDDFT。如果UKS对于你的体系定性正确但定量不准,那么单点能改用TDDFT就行了
wzkchem5 发表于 Post on 2020-10-18 14:36:27
zj123_45 发表于 2020-10-18 12:45
楼主你好,我也是出现了这个报错,不过我是opt+freq计算时出现的,分开算可以正常结束,但是我不知道分开计 ...

你这个计算等于是做了激发态结构优化,然后在优化的结构上做了基态的freq。
如果要做激发态freq,freq的输入文件必须也写td。
如果激发态freq内存不够,也没办法用其他方法的话,可以改为计算数值频率,计算时间会长很多,但是内存绝对够用。
zj123_45 发表于 Post on 2020-10-18 12:45:17
楼主你好,我也是出现了这个报错,不过我是opt+freq计算时出现的,分开算可以正常结束,但是我不知道分开计算的方法是否正确,opt+td(triplet)结束后用结果文件做的freq没有td。不知道你是怎样解决这个报错的呢,谢谢!
让你变成回忆 发表于 Post on 2020-1-7 10:22:02
仔细看了一下输入文件,感觉oniom都快被玩坏了。
输入文件中既没有指定原子电荷,也没有让程序自动算QEq电荷,导致低层原子和高层原子间根本都没有静电作用(详见http://bbs.keinsci.com/thread-13869-1-1.html)。
其实关于ONIOM来做所谓的QMMM研究,存在的问题是很多的。比如楼主所研究的RTP,并不是说“分子的振动被限制可以很好的限制无辐射“这个科学问题通过ONIOM可以很好地反映,而是ONIOM本身研究这种问题就会出现这种情况,分子间的范德华相互作用就会抑制住分子的振动,不仅仅是RTP,这种情况是很普遍的,当然也有特例。

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让你变成回忆 发表于 Post on 2020-1-7 08:14:26
小范范1989 发表于 2020-1-6 16:22
老兄,发现一个问题,这个分子,我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样,研究的侧重点不一样。

厉害了 老铁
小范范1989 发表于 Post on 2020-1-6 16:22:18
让你变成回忆 发表于 2020-1-6 15:39
嗯,我做过半径为40A的cluster(大概MM部分的分子有400个)的opt,即时是激发态的opt,也是没有任何问题 ...

老兄,发现一个问题,这个分子,我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样,研究的侧重点不一样。
小范范1989 发表于 Post on 2020-1-6 16:21:14
楼主好,我看了这个分子一下。我知道楼主也做RTP,这个jacs分子,我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样。我只是说一下哈
吕安琪 发表于 Post on 2020-1-6 16:00:46
sobereva 发表于 2020-1-6 13:09
想得到具体确切的回答就把关键词贴上,输入文件能上传就上传

直接报错原因屏幕上写明了,%mem不够

谢谢老师 输入文件已上传
让你变成回忆 发表于 Post on 2020-1-6 15:39:42
小范范1989 发表于 2020-1-6 12:54
可能和机器有关吧,可能跑到相对较老的机器上了,或者是该节点其他人的计算任务,吃了很大内存。
个人理 ...

嗯,我做过半径为40A的cluster(大概MM部分的分子有400个)的opt,即时是激发态的opt,也是没有任何问题的。
sobereva 发表于 Post on 2020-1-6 13:09:57
想得到具体确切的回答就把关键词贴上,输入文件能上传就上传

直接报错原因屏幕上写明了,%mem不够
小范范1989 发表于 Post on 2020-1-6 12:54:08
吕安琪 发表于 2020-1-5 23:36
我做的就是s1优化 没有频率 所以感觉很奇怪 不知道为什么内存不足

可能和机器有关吧,可能跑到相对较老的机器上了,或者是该节点其他人的计算任务,吃了很大内存。
个人理解哈
吕安琪 发表于 Post on 2020-1-5 23:36:09
让你变成回忆 发表于 2020-1-5 22:01
按照我的经验,优化部分应该不怎么吃内存,算freq部分比较吃内存。之前做过测试,用ONIOM opt+freq的话 应 ...

我做的就是s1优化 没有频率 所以感觉很奇怪 不知道为什么内存不足
让你变成回忆 发表于 Post on 2020-1-5 22:01:13
按照我的经验,优化部分应该不怎么吃内存,算freq部分比较吃内存。之前做过测试,用ONIOM opt+freq的话 应该算不了太大的体系。

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