求助：gromacs做md时提示large VCM

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kay

发布时间: 2020-1-6 17:21

请教各位老师，跑产生相md的时候，一跑就掉，log文件里最后出现的问题不太明白，不知这个问题该如何解决（图1）。减小步长再去做的时候，不再提示large vcm，同样是一跑就掉（图2），不知该如何解决，望老师们指点。 ...

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kay 发表于 Post on 2020-1-8 09:35:17

sobereva 发表于 2020-1-7 17:52
先反复检查mdp、拓扑文件、初始结构的合理性，能100%确保没问题就换个版本再试

谢谢老师，经过检查，发现未混合体系拓扑有点问题，有几个坐标不对。混合体系也出现这个问题，暂时没有发现拓扑的问题，正在检查其他问题

sobereva 发表于 Post on 2020-1-7 17:52:31

先反复检查mdp、拓扑文件、初始结构的合理性，能100%确保没问题就换个版本再试

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