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[GROMACS] 求助:gromacs做md时提示large VCM

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请教各位老师,跑产生相md的时候,一跑就掉,log文件里最后出现的问题不太明白,不知这个问题该如何解决(图1)。减小步长再去做的时候,不再提示large vcm,同样是一跑就掉(图2),不知该如何解决,望老师们指点。

QQ图片20200106171321.png (9.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

图1

图1

QQ图片20200106171306.png (25.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图2

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发表于 Post on 2020-1-7 17:52:31 | 只看该作者 Only view this author
先反复检查mdp、拓扑文件、初始结构的合理性,能100%确保没问题就换个版本再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-8 09:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-7 17:52
先反复检查mdp、拓扑文件、初始结构的合理性,能100%确保没问题就换个版本再试

谢谢老师,经过检查,发现未混合体系拓扑有点问题,有几个坐标不对。混合体系也出现这个问题,暂时没有发现拓扑的问题,正在检查其他问题

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