snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

请问卢老师是什么课程呀，哪里可以找到

snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。
1.

多谢！第一步就可以了

pbc wrap -all

摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_fixed.xtc -pbc mol

复制代码

组选system。
trr文件类似处理。
2.
VMD中使用DynamicBonds显示风格
3.VMD终端命令

1. mol bondsrecalc all
   
2. topo retypebonds

复制代码

仅对当前帧重新判断。