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VASP和Multiwfn做Hirshfeld charges计算结果不一样是为什么呢

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发布时间: 2020-3-26 13:03

正文摘要:

如题,计算的是Multiwfn说明书里的例子ClF3,但是我算的是Cl4F12,扩了四倍,是不是这个原因呢,这个结果合理吗?附上了我的自洽INCAR

回复 Reply

402104120002 发表于 Post on 2022-6-21 22:22:02
您好,问一下,你这个计算hirshfeld charge。不需要先结构优化,然后再进行自洽计算的吗?还有我想问一下,计算hirshfeld charge用VASP 4.6的版本可以做这个计算吗

202206212220012376..png (38.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

202206212220012376..png
sobereva 发表于 Post on 2021-8-1 05:50:20
xxzj 发表于 2021-7-30 20:45
老师,我想请问一下,计算Hirshfeld charges和静电势有什么区别,二者可以进行结合分析吗,通过Hirshfeld ...

Hirshfeld charge是原子电荷,每个原子一个数值
静电势是三维实空间函数,三维空间每个点一个数值

Hirshfeld charge用于考察原子带净电荷的情况,静电势能一定程度反映当前体系与其它物质的静电相互作用情况,各有各的用处
相关基本知识看
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
原子电荷计算方法的对比 http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
xxzj 发表于 Post on 2021-7-30 20:45:57
sobereva 发表于 2020-3-26 16:39
差别看Multiwfn手册3.9.13 Hirshfeld-I atomic charge一节,写得非常清楚

如果你用VASP算的是晶体的情 ...

老师,我想请问一下,计算Hirshfeld charges和静电势有什么区别,二者可以进行结合分析吗,通过Hirshfeld charges得到具体的数值,然后ESP通过图展现?
mingfan 发表于 Post on 2021-3-14 13:32:09
竹影曳88 发表于 2020-10-13 20:40
你好,请问用VASP计算Hirshfeld电荷需要在INCAR中怎样设置?我尝试了IVDW = 21或22及LVDW打开还是不打开的 ...

不好意思才看到,我就是在INCAR里加了IVDW=21,在OUTCAR里就有结果了,搜索关键词Hirshfeld就出现了
竹影曳88 发表于 Post on 2020-10-13 20:40:07
你好,请问用VASP计算Hirshfeld电荷需要在INCAR中怎样设置?我尝试了IVDW = 21或22及LVDW打开还是不打开的不同情况,得到的OUTCAR中都没有Hirshfeld电荷的相关信息。你能告诉我INCAR具体要怎么设置吗
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-28 15:17:07
本帖最后由 卡开发发 于 2020-3-28 15:20 编辑
xp47 发表于 2020-3-28 12:05
不是对于体系是否电中性的,应该是体系中是否存在强极性。如果体系没有极性(比如统一的原子类型如石墨烯 ...

也和这个没关系,其实是看INCAR中VDW_REFSTATE是怎么设置,如果默认啥都不设置就是0.
然后后面:
if (sum*(refstate**2)>0) then lionic=t。
xp47 发表于 Post on 2020-3-28 12:05:09
卡开发发 发表于 2020-3-27 23:34
代码看了,主要还是LIONIC这里的差异,如果体系是电中性的,几乎是没差异的(weight_charge vs hirshfeld ...

不是对于体系是否电中性的,应该是体系中是否存在强极性。如果体系没有极性(比如统一的原子类型如石墨烯)就没啥差别。如果不同,特别是比如金属氧化物差别就很大。IVDW=4的方案使用的是iter Hirshfeld_domain(和22/21之类的方案不一样虽然都是HI)。他们的第一部等价于20/2(即您说的wc的部分)。
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-27 23:34:29
本帖最后由 卡开发发 于 2020-3-28 00:25 编辑
xp47 发表于 2020-3-27 21:53
可能您不了解VASP中的IVDW=22或21中的HIRSHFELD部分或者周期性体系的HIRSHFELD方案,建议您看下之前周期 ...

代码看了,主要还是LIONIC这里的差异,如果体系是电中性的,几乎是没差异的(weight_charge vs hirshfeld_iterative,如果我没漏看代码的话,然后您可以看下2230格式都在哪个位置出现)。而传统的Hirshfeld不做非电中性的区分,您要不看看Multiwfn手册上Hirshfeld定义是怎样的?
xp47 发表于 Post on 2020-3-27 21:57:29
mingfan 发表于 2020-3-27 21:55
谢谢回复!我已经在z方向加了真空层

精确来说Z方向的真空层需要大于 H方案的cutoff。不改变cutoff的情况下可以手动停止Z方向的Periodical
mingfan 发表于 Post on 2020-3-27 21:55:38
xp47 发表于 2020-3-27 21:31
此处 如果是二维材料,强烈建议在做计算是手动停掉这部分Z方向的周期性。

谢谢回复!我已经在z方向加了真空层
xp47 发表于 Post on 2020-3-27 21:53:08
本帖最后由 xp47 于 2020-3-27 22:20 编辑
卡开发发 发表于 2020-3-27 21:45
对标准的Hirshfeld布居,就是做到使用自由原子密度来划分空间,并不需要后续过程。LZ给出的问题是对比Mul ...

可能您不了解VASP中的IVDW=22或21中的HIRSHFELD部分或者周期性体系的HIRSHFELD方案,建议您看下之前周期性HIRSHFELD,VASP的代码。在VASP中,2/20是hirshfeld_domxxx,在这个部分,会detect 以下ionic状态等等.... 21/22等用的是hirschfeldxxxx。背后是为了更好的接近CDDs。
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-27 21:45:05
本帖最后由 卡开发发 于 2020-3-27 21:49 编辑
xp47 发表于 2020-3-27 21:26
22是没有采用任何补偿的方案。如同23 24 25 26和3 4 5等都没有在手册里。所以22也叫HI-TS-FO,21只是HI-T ...

对标准的Hirshfeld布居,就是做到使用自由原子密度来划分空间,并不需要后续过程。LZ给出的问题是对比Multiwfn的例子,而例子中是标准的Hirshfeld布居而非Hirshfeld-I。
xp47 发表于 Post on 2020-3-27 21:31:18
mingfan 发表于 2020-3-27 21:15
谢谢,现在我开始计算我的系统了,已经测试例子完毕,所以想问应该读哪个呢?

此处 如果是二维材料,强烈建议在做计算是手动停掉这部分Z方向的周期性。
xp47 发表于 Post on 2020-3-27 21:26:21
本帖最后由 xp47 于 2020-3-27 21:33 编辑
mingfan 发表于 2020-3-27 21:00
老师您好!再请教一下,IVDW=22我没有在VASP的手册里看到呢,那么如果我设置IVDW=21是应该看Hirshfeld ch ...

22是没有采用任何补偿的方案。如同23 24 25 26和3 4 5等都没有在手册里。所以22也叫HI-TS-FO,21只是HI-TS。两者都不要看Hirshfeld的部分,这部分是不对的,缺少了很多部分(参考前面的留言)。对比Hirshfeld那么采用2/20 或者22/21的第一步H-I (LFirst=.True.时)。同时2/20考虑下要不要SCS
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-27 21:20:35
本帖最后由 卡开发发 于 2020-3-27 21:56 编辑
mingfan 发表于 2020-3-27 21:15
谢谢,现在我开始计算我的系统了,已经测试例子完毕,所以想问应该读哪个呢?

你如果要得到Hirshfeld电荷,那就应该读取Hirshfeld电荷的结果;如果是要读取Hirshfeld-I,那应该读取Hirshfeld-I的。这两种电荷在定义和实际做法是有些许差异的。如果你的问题是,为啥同样做标准的Hirshfeld布居,VASP的结果和Multiwfn的例子有所不同,我的答复是:
1、可能是泛函不同,你很可能用的是PBE(我看不到你全部的INCAR),而例子的wfn用的是B3LYP;
2、基组方面有差异,例子用的是6-31G*而VASP用的是平面波+PAW。
如果你问,Hirshfeld或Hirshfeld-I哪个更好,那肯定是Hirshfeld-I好点,不过也就那样。

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