请问“对该intrinsic扭转势能进行拟合，拟合公式为Ryckaert–Bellemans函数。”这一步是怎么做的？如果拟合CHARMM力场的二面角参数，是否应该用其它函数？

Amiswen 发表于 2020-6-29 16:54
现在可以了~谢谢回复！目前到了拟合函数的阶段，origin自定义拟合函数还是有问题

你好 请问你使用Origin拟合成功了吗 是怎么拟合的呢

现在可以了~谢谢回复！目前到了拟合函数的阶段，origin自定义拟合函数还是有问题

Amiswen 发表于 2020-6-28 03:33
请问楼主，“运用该top文件和某一帧gro文件以及mdp文件制作tpr文件”，能分享一下命令吗？我用的gmx grompp ...

我用的和你一样的命令，请问你报什么错呀

请问楼主，“运用该top文件和某一帧gro文件以及mdp文件制作tpr文件”，能分享一下命令吗？我用的gmx grompp -f test.mdp -c test.gro -p test.top -o em.tpr -maxwarn 1提示有fatal error

sobereva 发表于 2020-4-20 17:08
不同的零点下拟合出的参数是不同的，但这些参数对于描述当前被拟合的曲线的效果是一样的

好谢谢sob老师

我解决了这个问题，原因是我拟合的RB函数奇数项前面要是负号，我改成负号，就能重合了，这样对不。

破晓时的曙光 发表于 2020-4-20 13:30
还有个问题，我拟合之后，发现拟合的参数是这个样子的，C0，C1，C2，C3，C4，C5分别为：110.98 ，-3.25， - ...

不用管大小。你就看基于这些参数得到的拟合曲线和实际曲线是否吻合就完了。

向往阳光 发表于 2020-4-20 10:05
请问sob老师，拟合二面角参数的时候，选取不同角度的能量作为势能零点，这样得到的二面角参数是不同的。 ...

不同的零点下拟合出的参数是不同的，但这些参数对于描述当前被拟合的曲线的效果是一样的

还有个问题，我拟合之后，发现拟合的参数是这个样子的，C0，C1，C2，C3，C4，C5分别为：110.98 ，-3.25， -113.30， 67.06， 12.51， -70.90，这个有些参数是不是很大啊，是不是看起来不靠谱。

sobereva 发表于 2020-4-19 00:24
把问题拆开了考虑。当前应当先检验，把二面角力场参数填进去和不填进去时，gmx算的两种体系总势能的曲线的 ...

请问sob老师，拟合二面角参数的时候，选取不同角度的能量作为势能零点，这样得到的二面角参数是不同的。那么用这些不同的二面角参数进行MD后的结果是否相同？或者说二面角扭转势能曲线的拟合与势能零点的选取有关吗？

把问题拆开了考虑。当前应当先检验，把二面角力场参数填进去和不填进去时，gmx算的两种体系总势能的曲线的差值曲线到底是否和被拟合的函数完全一致