拟合二面角参数，拟合完参数重新放入top中扫二面角势能线，MM结果与DFT结果不重合

破晓时的曙光 · 发表于 Post on 2020-4-18 15:45:46

我在拟合二面角参数时采用这样的步骤：
1. 首先对该分子需要扫的那个二面角进行DFT扫描，采用限制性优化的方法。#p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d,p) nosymm，从0度扫到180度。
2. 将DFT每个限制性优化的结构保存为pdb文件，用gromacs将每个pdb文件转变为gro文件，运用cat命令将这些gro文件拼接成一个多帧gro文件。
3. 用Amber+acpype产生该分子的top文件，并且用Multiwfn拟合好resp电荷放到该top文件中。将需要扫的那个二面角参数都设为0。运用该top文件和某一帧gro文件以及mdp文件制作tpr文件。运用-rerun命令计算这个多帧gro中每一帧的单点能，命令为：gmx mdrun -s A1.tpr -rerun A.gro
4. 运用gmx energy命令提取edr文件中的potential能量，即为MM能量。将MM能量减去180度的能量（以180度为基点），将DFT能量也减去180度的能量并且将Hartree能量换算成kJ/mol（1Hartree=2625.5kJ/mol），此时将处理后的DFT能量减去MM能量得到intrinsic 扭转势能。对该intrinsic扭转势能进行拟合，拟合公式为Ryckaert–Bellemans函数。
5. 将拟合得到的C0——C5放到top文件中，重新扫每一帧的能量，减去零点后与DFT能量相对比。

我就是按照以上的操作步骤来进行计算的，但是，最后拟合之后放到top文件中，扫的MM能量与DFT能量不重合，我检查了很久，并不清楚哪里出了问题。以下是我的top文件和mdp文件

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-19 00:24:46

把问题拆开了考虑。当前应当先检验，把二面角力场参数填进去和不填进去时，gmx算的两种体系总势能的曲线的差值曲线到底是否和被拟合的函数完全一致

向往阳光 · 发表于 Post on 2020-4-20 10:05:41

sobereva 发表于 2020-4-19 00:24
把问题拆开了考虑。当前应当先检验，把二面角力场参数填进去和不填进去时，gmx算的两种体系总势能的曲线的 ...

请问sob老师，拟合二面角参数的时候，选取不同角度的能量作为势能零点，这样得到的二面角参数是不同的。那么用这些不同的二面角参数进行MD后的结果是否相同？或者说二面角扭转势能曲线的拟合与势能零点的选取有关吗？

破晓时的曙光 · 发表于 Post on 2020-4-20 13:30:52

还有个问题，我拟合之后，发现拟合的参数是这个样子的，C0，C1，C2，C3，C4，C5分别为：110.98 ，-3.25， -113.30， 67.06， 12.51， -70.90，这个有些参数是不是很大啊，是不是看起来不靠谱。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-20 17:08:11

向往阳光发表于 2020-4-20 10:05
请问sob老师，拟合二面角参数的时候，选取不同角度的能量作为势能零点，这样得到的二面角参数是不同的。 ...

不同的零点下拟合出的参数是不同的，但这些参数对于描述当前被拟合的曲线的效果是一样的

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-20 17:08:39

破晓时的曙光发表于 2020-4-20 13:30
还有个问题，我拟合之后，发现拟合的参数是这个样子的，C0，C1，C2，C3，C4，C5分别为：110.98 ，-3.25， - ...

不用管大小。你就看基于这些参数得到的拟合曲线和实际曲线是否吻合就完了。

破晓时的曙光 · 发表于 Post on 2020-4-20 21:55:07

我解决了这个问题，原因是我拟合的RB函数奇数项前面要是负号，我改成负号，就能重合了，这样对不。

向往阳光 · 发表于 Post on 2020-4-20 22:09:37

sobereva 发表于 2020-4-20 17:08
不同的零点下拟合出的参数是不同的，但这些参数对于描述当前被拟合的曲线的效果是一样的

好谢谢sob老师

Amiswen · 发表于 Post on 2020-6-28 03:33:43

请问楼主，“运用该top文件和某一帧gro文件以及mdp文件制作tpr文件”，能分享一下命令吗？我用的gmx grompp -f test.mdp -c test.gro -p test.top -o em.tpr -maxwarn 1提示有fatal error

破晓时的曙光 · 发表于 Post on 2020-6-29 09:23:26

Amiswen 发表于 2020-6-28 03:33
请问楼主，“运用该top文件和某一帧gro文件以及mdp文件制作tpr文件”，能分享一下命令吗？我用的gmx grompp ...

我用的和你一样的命令，请问你报什么错呀

Amiswen · 发表于 Post on 2020-6-29 16:54:26

现在可以了~谢谢回复！目前到了拟合函数的阶段，origin自定义拟合函数还是有问题

现在就好 · 发表于 Post on 2021-2-26 23:18:59

Amiswen 发表于 2020-6-29 16:54
现在可以了~谢谢回复！目前到了拟合函数的阶段，origin自定义拟合函数还是有问题

你好请问你使用Origin拟合成功了吗是怎么拟合的呢

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-8 10:51:09

请问“对该intrinsic扭转势能进行拟合，拟合公式为Ryckaert–Bellemans函数。”这一步是怎么做的？如果拟合CHARMM力场的二面角参数，是否应该用其它函数？

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[GROMACS] 拟合二面角参数，拟合完参数重新放入top中扫二面角势能线，MM结果与DFT结果不重合

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