蛋白MD时个别残基RMSF过大，检查轨迹发现异常如何解决？

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发布时间: 2020-5-28 15:15

本帖最后由 a8223007 于 2020-5-28 15:18 编辑蛋白用swissmodel同源建模以后，进行水中的模拟，我之前按照官方教程做的，做出来用VMD看轨迹发现很大的问题，有的残基会被拉伸的特别长，请问这一般是怎么回事呢（ ...

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a8223007 发表于 Post on 2020-6-1 14:19:17

sobereva 发表于 2020-5-28 18:48
在mdp里让蛋白质设成消除平动，免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘，造成你的现象

感谢大佬指导

sobereva 发表于 Post on 2020-5-28 18:48:00

在mdp里让蛋白质设成消除平动，免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘，造成你的现象

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